Сборка генома организма Octopus vulgaris.

Информация о организме Octopus vulgaris.

При выполнении данного задания я выбрал необыкновенный организм, обыкновенный осьминог, Octopus vulgaris, проживает по всей протяжённости атлантического океана. Его ареал тянется от южных берегов Англии, до берегов ЮАР. Этот вид является наиболее изученным, а также одним из наиболее интеллектуально развитых видов осьминогов. Набирает вес до 9 килограм, живёт два года. Питается ракообразными и двустворчатыми моллюсками. Любопытный ракоед является счастливым обладателем 30 хромосом (в одном гаплоидном наборе).

Характеристики сборки генома.

Запрос проводил по таксону Octopus vulgaris, всего в результате запроса выдача состояла из двух сборок, первая из которых была на уровне скаффолда, вторая на уровне Chromosome, причём вторая также была проверена научными сотрудниками университета KU Leuven, таким образом по точности и качеству она сильно выигрывала у своего одинокого конкурента, в связи с чем мной было принято решение использовать именно её. В таблице ниже представлены характеристики данной сборки. Данная сборка является референсной, что означает, что она была подвергнута проверке и признана экспертами стандартом для геномов данного таксона, с которым будут сравнивать все последующие получаемые сборки генома Octopus vulgaris.

N50 - минимальная длина последовательности (скаффолда или контига) такая что, половина суммарной длины сборки содержится в последовательностях этой сборки, длина которых больше или равна значению N50. L50 - количество последовательностей сборки с длиной большей или равной N50.