Практикум 7:

Список белков и STRING.

Из всего имеющегося набора баз данных представленных нам на выбор для выполнения данного практикума целесообразнее всего было бы начать именно со STRING, во-первых туда можно закинуть весь список наших белков и получить краткую сводку о каждом, а во-вторых представление о том, как эти белки в принципе взаимосвязаны в удобном визуальном формате.

Итак, рассмотрим наш список, а также сводки выданные STRING для каждого из его элементов: CYP2A7-цитохром P450 2A7 CYP2A6-цитохром P450 2A6 имеет также кумарин 7-гидроксилазную активность, может участвовать в гидролизе ифосфамида и циклофосфамида, являющихся противораковыми препаратами. Входит в состав никотин C-оксидазы. NAT2- Ариламин N-ацетилтрансфераза 2. Участвует в детоксикации Ариламина и Гидразина. Катализирует N и O ацетилирование многих гетероциклических аминов, может биоактивировать некоторые биологические канцерогены. CYP1A2-цитохром P450 1A2, неспецифичная монооксигеназа. Особенно активна при синтезе гидроксиэстрогенов из эстрона. XDH- Ксантин дегидрогеназа/оксидаза, принимает участие в деградации пуринов (окисление ксантина до мочевой кислоты), катализирует окисление гипоксантина до ксантина, (биосинтез гуанозина). Участвует в генерации активных форм кислорода. NAT1- Ариламин N-ацетилтрансфераза 1. Описание аналогично NAT2. :/

Итак, у нас теперь есть какое-то представление о имеющейся группе белков, теперь рассмотрим как они взаимодействуют между собой.

"Целое-больше чем сумма его частей", в данном случае не рассмотрев данную картинку мы бы не узнали, что в совокупности наши белки прославляют сатану, так что мы уже в каком то смысле достигли успеха. Ниже, привожу легенду необходимую для понимания схемы.

Reactome.

Теперь, когда у нас сложилось определённое представление о составе данного списка белков можно рассмотреть участие его элементов в метаболизме в целом, для этого мы и воспользуемся базой данных Reactome.

Давайте теперь подробнее рассмотрим именно метаболизм.

В основном это ОВР (что мягко говоря не удивительно, у нас в списке 3 цитохрома), а также ацетилирование, что как бы тоже мы вполне ожидали увидеть. По субстратам тоже ничего нового, амины, жирные кислоты и ксенобиотики.

Как можно заметить наши белки участвуют также в транспорте аминокислот и пептидов.