Практикум 8:

Uniprot Proteomes

При поиске протеома в UniProtKB по таксону Clostridium tetani E88 был найден единственнный референсный протеом, тем не менее несмотря на то что он референсный в нём довольно низкий показатель СD, это вызвано большим количеством отсутствующих по сравнению с близкими протеомами белков.Тем не менее это единственный протеом в Uniprot для искомого таксона так что будем работать по нему.

В качестве контрольного протеома я выбрал референсный протеом Clostridium butyricum, данная бактерия родственна искомой, в отличие от неё непатогенна и при этом её протеом имеет весьма благоприятные характеристики для нашей задачи.

Скачивание протеомов воспроизводилось по алгоритму представленому на фотографии ниже:

Сравнение протеомов

По группам белков Трансмембранные.

Для начала рассмотрим количество трансмембранных белков по протеомам, у Clostridium tetani E88 представлено 609 трансмембранных белков, причем только 19 из них в представлены в Swiss-Prot. Поиск проводился напрямую через Uniprot: (proteome:UP000001412) AND (ft_transmem:*)

Для Clostridium butyricum было найдено 926 белков, причём ни один не в Swiss-prot, что говорит о слабой изученности данного организма. Вероятно всё же было не очень удачным решением выбирать его в качестве контроля.

По группам белков Ферменты.

Для протеома tetani E88 было найдено 698 ферментов из которых 222 в Swiss-prot. В поисковую строку вбивался запрос в формате (proteome:UP000001412) AND (ec:*).

Для контроля найдено 968 и как и в прошлый раз, ни один не аннотирован в Swiss-prot.

Для оценки по группам ферментов, с учётом того что клостридии являются сапротрофами и вовлечены в гниение органических остатков, я решил выбрать группу протеаз, отбор проводился в поисковой строке по образцу: (proteome:UP000001412) AND (protein_name: protease). Для искомого протеома обнаружено 30 различных протеаз 3 из которых аннотированны. Для контроля было обнаружено всего 17 протеаз, ни одна из которых не была в Swiss-prot.

По группам белков Токсины.

В качестве кастомного сравнения интересно было бы разобрать протеомы по токсинам, поскольку мы знаем что Closrtidium tetani E88, патогенная бактерия обладающая нейротоксином. Выбранный нами контроль напротив непатогенный, поэтому его имеет смысл рассмотреть.

Отбор проводился в поисковой строке (proteome:UP000003081) AND (protein_name: toxin)

Для контроля нашлось всего 6 белков и ни одного аннотированного. Для tetani E88 найдено 2 строчки, одна аннотирована в Swiss-prot. Токсины контроля вовлечены в лизис Фагов и для человека не опасны.