Мини-обзор бактерии Staphylococcus kloosii


1. Введение

Staphylococcus kloosii - грамположительная аэробная неспорообразующая коагулаза-отрицательная бактерия. Штаммы этой бактерии были впервые обнаружены на коже диких и домашних животных (R. Kilpper-Balz, L. A. Devriese, 1984).Потенциально является условно-патогенным и может быть причиной внутрибольничных инфекций, как и другие некоагулазные стафилококки (Becker K, Heilmann C, Peters G. 2014.).Некоагулазные стафилококки могут также являться причиной болезней у животных (Suvi Taponen, Satu Pyörälä, 2009).

В данной работе описаны стандартные данные о геноме бактерии, приведены статистические данные о белках и РНК.

2. Материалы и методы

Были использованы материалы с сайта NCBI. В частности - таблица особенностей генома и полная нуклеотидная последовательность. Для исследования были применены скрипты на python и командной строке bash. Визуализация выполнена с помощью google таблиц.

3. Результаты

табл. 1. Названия ДНК, их длина в п.н. и CG-состав
Название молекулы ДНК Длина в парах нуклеотидов GC-состав
NZ_CP027847.1 (плазмида) 8847 0.28925
NZ_CP027846.1 (хромосома) 2630191 0.33082
.
табл. 2. Координаты ориджина и точки конца репликации
Координаты ориджина 214000
Координаты конца репликации 1698000

Минимум GC-skew соответствует ориджину - точке начала репликации, а максимум соответствует точке конца репликации. Примерные координаты приведены в табл. 2


.
табл. 3. Количество белок-кодирующих генов на цепях ДНК
Количество на прямой цепи 1355
Количество на обратной цепи 1170
табл. 4. Количество и процент от всего протеома для белков
белки количество процент от всех белков
Рибосомальные белки 62 2,45%
Потенциальные белки 238 9,43%
Транспортные белки 252 9,98%

табл. 5. РНК у бактерии и их количество
РНК всего 86
тРНК 61
рРНК 22

4. Сопроводительные материалы

Команда bash: tail -n +2 ~/term1/genome/*table* | cut -f 7 | sort -u

Скрипт для подсчета GC-состава: ссылка

Скрипт для подсчета GC-scew: ссылка

Таблица для подсчёта РНК и CDS: ссылка

Полная нуклеотидная последовательность генома в формате fasta: ссылка

Таблица особенностей генома: ссылка

5. Источники

Schleifer K.H., Kilpper-Bälz R., Devriese L.A., 1984. “Staphylococcus arlettae sp. nov., S. equorum sp. nov. and S. kloosii sp. nov.: Three New Coagulase-Negative, Novobiocin-Resistant Species from Animals”

Becker K, Heilmann C, Peters G. 2014. “Coagulase-negative staphylococci”

Suvi Taponen, Satu Pyörälä, 2009. “Coagulase-negative staphylococci as cause of bovine mastitis-Not so different from Staphylococcus aureus?”