Третий практикум
Первое задание
Текст команды: fiber -a -seq=GATC -rep=5 gatc-a.pdb
Ссылки на файлы со структурами ДНК, сгенерированными с помощью fiber:
gatc-Agatc-B
gatc-Z
Второе задание
Две молекулы ДНК - одна из PDB, другая из fiber
В сторону большой бороздки обращены атомы: c23.n4, c23.c4, c23.c5
В сторону малой бороздки обращены атомы: с23.с2, c23.o2, c23.n1
| Форма ДНК | A-форма | B-форма | Z-форма |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.7 | 33.7 | 44.8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8 | 17.2 | 18.3 |
| Ширина малой бороздки | 8.0 | 11.7 | 7.2 |
Ширина большой бороздки между фосфатами (А-форма) 9 и 34, (В-форма) 34 и 4, (Z-форма) 26 и 12
Ширина малой бороздки между фосфатами (А-форма) 9 и 26, (В-форма) 34 и 11, (Z-форма) 31 и 13
Третье задание
Заданное тРНК: 1f7u_old.pdb
Пары оснований: bp_order.dat
Номера нуклеотидов стеблей в заданном тРНК:
| 1-7 | 10-13 | 26-31 | 49-53 |
| 72-66 | 25-22 | 44-39 | 65-61 |
Всего 9 неканонических пар оснований:
| B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B |
| B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B |
| B:.908_:[..U]U-**--A[..A]:.914_:B |
| B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B |
| B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B |
| B:.917_:[..G]G-**+-P[PSU]:.955_:B |
| B:.926_:[M2G]g-**--A[..A]:.944_:B |
| B:.927_:[PSU]P-**--A[..A]:.943_:B |
| B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B |
Есть дополнительные водородные связи не имеющие отношения к стеблям:
| B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B |
| B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B |
| B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B |
| B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B |