Четвертый практикум


Первое задание


Последовательность тРНК была проанализирована c помощью einverted:

einverted -sequence 1f7urna.seq -gap 12 -threshold 15 -match 3 -mismatch -4 -outfile einv.outfile -outseq ein v.outseq

На выходе получились такие результаты:


Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
27 tctgg 31
   |||||
43 agacc 39
                                

Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
49 ccagg 53
   |||||
65 ggtcc 61
Участок структуры find_pair einverted по Зукеру
Акцепторный стебель 1-7:72-66 --- 1-6:72-67
D-стебель 10-13:25-22 --- 7-12:22-17
Антикодоновый стебель 26-31:44-39 27-31:43-39 27-31:43-39
Т-стебель 49-53:65-61 49-53:65-61 49-53:65-61
Общее число канонических пар нуклеотидов 22 10 22

Второе задание


Ссылка на скрипт: скрипт

Полученная анимация:

...

Таблица ДНК-белковых взаимодействий:

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 8 39 47
остатками фосфорной кислоты 88 19 107
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 21 20 41
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 4 4

Больше всего контактов образует остаток фосфорной кислоты. Также атомы большой бороздки имеювт намного больше взаимодействий, в отличие от малой бороздки

Выдача nucplot:

...
...

Аминокислотный остаток, важный для распознавания последовательности ДНК - это Arg69 цепи Е

Аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК - это Gln68 цепи E

...
...