Практикум 4

Составление списка гомологичных белков

Для выполнения задания были скопированы протеомы интересующих меня бактерий, которых я выбрал в практикуме 1.

При помощи данных ниже команд были найдены гомологи в данных протеомах.

cat * > proteomes.fasta
makeblastdb -in proteomes.fasta -dbtype prot
blastp -task blastp -query P0A6H1.fasta -db proteomes.fasta -out blastp_out.txt -outfmt 6 -evalue 0.001

Результат выдачи программы: файл

Реконструкция и визуализация

Далее последовательности были собраны в один файл при помощи JalView. С помощью них было построено дерево по алгоритму FastME на сайте NGPhylogeny.fr

Все параметры оставались по умолчанию, кроме:

"Gamma distributed rates across sites" - No

"Starting tree" — BIONJ

"No refinement" - True

"Bootstrap branch support" - 100 replicates

Рис.1 Дерево гомологов, укорененное в средную точку. Разным цветом отмечены разные группы ортологов

Рис.2 Дерево гомологов, укорененное в среднюю точку, со схлопнутыми группами ортологов. Группа HSLU не содержит белка из организма NEIMA. Однако филогения данной ортологической группы соответствует филогении бактерий. В группе CLPX нет белка из организма AROAE, и филогения группы не соответствует филогении бактерий. В группе FTSH представлены только 4 организма: BARHE, BRUSU, HAEIN, BURMA. Филогения внутри группы соответствует филогении бактерий

В группе ортологов FTSH, отмеченной голубым цветом, есть белки, чей идентификатор не соответствует FTSH, однако при рассмотрении их в базе данных, оказывается, что они принадлежат к группе белков ftsH

Пары ортологов: (HSLU_BARHE - HSLU_BRUSU), (CLPX_NEIMA - CLPX_HAEIN), (HSLU_AROAE - HSLU_HAEIN)

Пары паралогов: (HSLU_BARHE - CLPX_BARHE), (HSLU_HAEIN - FTSH_HAEIN), (CLPX_BRUSU - HSLU_BRUSU)