Практикум 7

Кратко о наборе генов

Всего в списке находится 50 генов. Ссылка на список.

При просмотре списка глазами видно наличие сходных генов: ALDH1B1, ALDH9A1, ALDH7A1, ALDH2 и др. Все они связаны с каталитическим разложением альдегидов. В их числе белок, который в основном разлагает ацетальдегид, образующийся при метаболизме алкоголя.

Также был набор белков, которые катализировали реакции азотистого обмена (метаболизм мочевины, реакции дезаминирования и прочие), например: AOC1, ARG2, DAO.

В целом, смотря на набор генов, кажется, что они связаны с удалением азота и прочих соединений из организма.

Reactome

Поскольку все белки, которые я просматривал из списка был связаны с метаболизмом (конечно, я не просмотрел каждый белок из списка), я решил проверить действительно ли это так в Reactome.

Рис.3 Выдача Reactome для биосинтеза коллагена

Внезапно в выдаче оказались белки, ответственные за синтез коллагена, а именно за модификацию пролина в нём. Также были белки, синтезирующие оксид азота, который является медиатором (может быть медиатором иммунного ответа). Исходя из такого большого количества функций я затрудняюсь вывести один конкретный процесс, в котором эти белки могли бы участвовать.

PANTHER и GO

Reactome оказался удобен, чтобы показать, что кроме функции метаболизма присутствовали еще другие функции. Однако в Panther вывод может показать визуально, сколько белков в каком процесе учавствуют. Конечно, в Реактоме тоже была эта информация, однако она не была показана в графическом виде. Чтобы исправить это я воспользовался сервисом Panther. По ней оказалось видно, что больше всего белков учавствуют именно в процессах метаболизма.

Рис.5 Выдача PANTHER Bar chart с количеством белков по разным функциям

Для PANTHER существует также текстовая выдача. Для данной выдачи одинаковыми оказались белки, которые учавствуют в метаболизме и клеточных процессах. При подробном рассмотрении оказывается, что метаболизм входит в клеточные процессы, что говорит о том, что у нас нет таких белков, которые бы участвовали в клеточных процессах кроме метаболизма.

Кроме того, выяснилось, что PANTHER добавляет белки, которых нет в списке. Для проверки какие именно это белки я обратился к GO.

Рис.6 Выдача GO разных генов, идентифицированных как с одинаковыми ID

Рис.7 Выдача GO с количеством ID и количеством генов с одинаковыми ID

SAT1: кроме SAT1 (ацилирование аминов) выявились еще SLC26A1 (транспорт анионов сульфата) и SLC38A1 (симпортер натрия и аминокислот). Смею предположить, что изначально подразумевался только SAT1. Похожая картина с тем, что белки сильно отличаются, встречается у остальных белков из списка в рис. 6. Кроме того, при рассмотрении выдачи Reactome, оказалось, что он тоже выделяет сразу два белка для SAT1. Возможно, этим частично можно объяснить то, что на диаграмме Reactome оказалось много функций

Выводы

По анализу данных я хочу сделать вывод о том, что скорее всего эти белки являются частью метаболизма каких-то аминокислот, из которых точно должен быть пролин, поскольку из всех функций выбивалась функция синтеза коллагена, которая по сути была функцией модификации пролина. Также выбивающаяся функция имунного ответа связана с оксидом азота, который образуется при метаболизме аргинина.