Визуализация молекул в JMol
Сценарий
Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре |
| # |
имена атомов |
длина связи (å) |
угол n-h-o (°) |
| альфа-спирали |
| 1 |
n(61ala)- o(57glu) |
2.97 |
166.8 |
| 2 |
n(62arg)- o(58glu) |
2.86 |
167.6 |
| 3 |
n(68thr)- o(68leu) |
2.87 |
151.5 |
| бета-тяжи |
| 1 |
n(30leu)- o(23leu)
|
3.06 |
146.6 |
| 2 |
n(25arg)- o(28asn) |
2.97 |
159.9 |
| 3 |
n(28asn)- o(25arg) |
3.08 |
160.2 |
Вывод
Полученные длины водородных связей соответствуют среднему значению, наблюдаемому в белках (около 3Å). Углы водородных связей так же соответствуют определению водородной связи и находятся в пределах от 100° до 180°
Использованная литература
- J.K. Myers, C.N. Pace, Hydrogen bonding stabilizes globular proteins, Biophysical Journal, Volume 71, Issue 4, 1996, Pages 2033-2039, ISSN 0006-3495.
- Arunan, Elangannan, Desiraju, Gautam R., Klein, Roger A., Sadlej, Joanna, Scheiner, Steve, Alkorta, Ibon, Clary, David C., Crabtree, Robert H., Dannenberg, Joseph J., Hobza, Pavel, Kjaergaard, Henrik G., Legon, Anthony C., Mennucci, Benedetta and Nesbitt, David J.. "Definition of the hydrogen bond (IUPAC Recommendations 2011)" Pure and Applied Chemistry, vol. 83, no. 8, 2011, pp. 1637-1641.