Обзор белка

Введение

Acidaminococcus fermentans является неспорообразующим, неподвижным грамотрицательным кокком. A.fermentans известен своим обитанием в желудоно-кишечном тракте и спососбностью окислять транс-аконитат. В филогенетическом отношении представляет интерес как представитель малоизученной группы в составе типа Фирмикуты. Именнно геномная последовательность A.fermentans была выделена первой среди представителей семейства Acidaminococcaceae.1,2

(R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase

Ферментация глутамата активно иследовалась у A.fermentans. (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase включен в этот процесс. Он активирует дегидратазу 2-гидроксиглутарил-КоА, которой необходимы лишь каталитические количества АТФ. Сама АТФаза обладает низкой АТФазной активностью3,4,5

(R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
раздел UniProtKB Swiss-Prot
UniProt ID HGDC_ACIFV
UniProt AC P11568
EMBL AC X59645; CP001859; X14252
PDB ID 1HUX
длина 260 AA
молекулярная масса 27269
рекомендуемое UniProt название (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase EC=3.6.1.
Таблица 1. Информация о белке

Последовательность полная, зарегистрирована на уровне белка. Является к референсным протеомом. (Sequence status: Complete. Evidence at protein level;Reference proteome).3

Результаты поисковых запросов к UniProt

Поисковой запрос в UniRef "uniref100 p11568" OR "uniref90 p11568" OR "uniref50 p11568" дал информацию о распространении этого белка. В UniRef100 вошло еще два белка, входящие в UniParc и TrEMBL. Seed кластера - белок из UniParc с длиной 270 а.о. Репрезентативная последовательность для всех кластеров - HGDC_ACIFV.

В UniRef90 вошло 11 белков. Все организмы относятся к тому же роду Acidaminococcus. Seed и representative те же, что и для UniRef100. В UniRef50 входит 709 белков из разных родов, есть организмы из других типов. Это значит, что похожие белки очень распространены.

Запрос organism:"acidaminococcus fermentans" NOT mnemonic:HGDC_ACIFV annotation:(type:function l-glutamate) показал белки A.fermentans, связанные с метаболизмом глутамата.

Запрос name:"r -2-hydroxyglutaryl-coa dehydratase activating atpase" NOT taxonomy:"Acidaminococcus [904]" показал белки с тем же названием из организмов, не относящихся к роду Acidaminococcus

Сравнение протеомов

В качестве референсного протеома для A.fermentans был выбран Протеом Bacillus subtilis, так как он тоже относится к Фирмикутам.

Bacterium ID Всего белков Swiss-Prot Трансмембранные белки* Ферменты** АТФазы***
A.fermentans UP000001902 2016 13 398 (19.7%) 508 (25.2%) 8 (0.4%)
B.subtilis UP000001570 4260 4191 996(23.4%) 1529 (35.4)% 20 (0.5%)
Таблица 2. Характеристики протеомов

*annotation:(type:transmem) AND proteome:up000001902

**ec:* AND proteome:up000001902

***annotation:(type:"catalytic activity" rhea:13065) AND proteome:up000001902

Запросы приведены для A.fermentans, аналогичные запросы для B.subtilis получены подстановкой нужного ID протеома.

Доля белков каждой функциональной группы оказалось для каждой бактерии примерно одинаковой. У B.subtilis больше ферментов, но, наверное, это связано с большей изученностью этой бактерии. Доля белков, катализирующих реакции гидролиза АТФ, оказалась почти в точности одинаковой.

Использованная литература

  1. Chang Y.J.et al. "Complete genome sequence of Acidaminococcus fermentans type strain (VR4).";PubMed=21304687; DOI=10.4056/sigs.1002553
  2. NCBI classification of A.fermentans
  3. Страница UniProt HGDC_ACIFV
  4. Schweiger G. et al. "Purification of 2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase from Acidaminococcus fermentans. An iron-sulfur protein.";PubMed=3691501; DOI=10.1111/j.1432-1033.1987.tb13631.x; Eur. J. Biochem. 169:441-448(1987).
  5. Mueller U., Buckel W.; "Activation of (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase from Acidaminococcus fermentans.";PubMed=7607244; DOI=10.1111/j.1432-1033.1995.0698h.x; Eur. J. Biochem. 230:698-704(1995).