Acidaminococcus fermentans является неспорообразующим, неподвижным грамотрицательным кокком. A.fermentans известен своим обитанием в желудоно-кишечном тракте и спососбностью окислять транс-аконитат. В филогенетическом отношении представляет интерес как представитель малоизученной группы в составе типа Фирмикуты. Именнно геномная последовательность A.fermentans была выделена первой среди представителей семейства Acidaminococcaceae.1,2
Ферментация глутамата активно иследовалась у A.fermentans. (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase включен в этот процесс. Он активирует дегидратазу 2-гидроксиглутарил-КоА, которой необходимы лишь каталитические количества АТФ. Сама АТФаза обладает низкой АТФазной активностью3,4,5
раздел UniProtKB | Swiss-Prot |
UniProt ID | HGDC_ACIFV |
UniProt AC | P11568 |
EMBL AC | X59645; CP001859; X14252 |
PDB ID | 1HUX |
длина | 260 AA |
молекулярная масса | 27269 |
рекомендуемое UniProt название | (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase EC=3.6.1. |
Последовательность полная, зарегистрирована на уровне белка. Является к референсным протеомом. (Sequence status: Complete. Evidence at protein level;Reference proteome).3
Поисковой запрос в UniRef "uniref100 p11568" OR "uniref90 p11568" OR "uniref50 p11568" дал информацию о распространении этого белка. В UniRef100 вошло еще два белка, входящие в UniParc и TrEMBL. Seed кластера - белок из UniParc с длиной 270 а.о. Репрезентативная последовательность для всех кластеров - HGDC_ACIFV.
В UniRef90 вошло 11 белков. Все организмы относятся к тому же роду Acidaminococcus. Seed и representative те же, что и для UniRef100. В UniRef50 входит 709 белков из разных родов, есть организмы из других типов. Это значит, что похожие белки очень распространены.
Запрос organism:"acidaminococcus fermentans" NOT mnemonic:HGDC_ACIFV annotation:(type:function l-glutamate) показал белки A.fermentans, связанные с метаболизмом глутамата.
Запрос name:"r -2-hydroxyglutaryl-coa dehydratase activating atpase" NOT taxonomy:"Acidaminococcus [904]" показал белки с тем же названием из организмов, не относящихся к роду Acidaminococcus
В качестве референсного протеома для A.fermentans был выбран Протеом Bacillus subtilis, так как он тоже относится к Фирмикутам.
Bacterium | ID | Всего белков | Swiss-Prot | Трансмембранные белки* | Ферменты** | АТФазы*** |
A.fermentans | UP000001902 | 2016 | 13 | 398 (19.7%) | 508 (25.2%) | 8 (0.4%) |
B.subtilis | UP000001570 | 4260 | 4191 | 996(23.4%) | 1529 (35.4)% | 20 (0.5%) |
*annotation:(type:transmem) AND proteome:up000001902
**ec:* AND proteome:up000001902
***annotation:(type:"catalytic activity" rhea:13065) AND proteome:up000001902
Запросы приведены для A.fermentans, аналогичные запросы для B.subtilis получены подстановкой нужного ID протеома.
Доля белков каждой функциональной группы оказалось для каждой бактерии примерно одинаковой. У B.subtilis больше ферментов, но, наверное, это связано с большей изученностью этой бактерии. Доля белков, катализирующих реакции гидролиза АТФ, оказалась почти в точности одинаковой.