Практикум 11
Описание семейства доменов
Для выполнения практикума было выбрано семейство доменов Ses_B (PF17046). В нем 134 домена, а в выравнивании 21 последовательностей. Доменных архитектур 32, из них выбраны (DUF676, Ses_B) и ( Ses_B) 27 и 23 белка, соответственно. К сожалению, нет белков с этим доменом, у которых известна структура(. Домен представлен только у Эукариот: Fungi(только Ascomycota) и Uncotigorised eukaryote. На самом деле, в последнем "царстве" находятся в основном неклассифицированные гибы(. Так что опишу распределение белков по классам: Eurotiomycetes (57), Dothideomycetes(11), Sordariomectes (3) и Leotiomycetes(1). HMM профиль создан в феврале 2015, число позиций- 29.
Карта локального сходства белков с разной архитектурой
Построил карту выравнивания с помощью B8MU56 и B6QMV7. В выравнивании прослеживается множество похожих участков, вероятно, что белки являются гомологичными,просто за некоторый период времени произошло достаточное количество мутаций.
Выделение двух подгрупп на основании сходства
.png)
Объединил последовательности в группы по схожести 18-19, 39-45 столбцов. Группы отличаются аминокислотами в 42 и 44 столбцах ( фенилаланин, лейцин; изолейцин, лейцин).
Ссылки: Изначальное выравнивание, две выделенные группы