Практикум 9

Задание 1

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identify	% Similarity	Gaps	Indels
Cell division protein ZapA (Z ring-associated protein ZapA)	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	41.5	13.2	29.8	48	5
DNA helicase IV (EC 3.6.4.12)	HELD_ECOLI	HELD_BACSU	193.0	19.1	30.8	302	36
Chaperone protein DnaJ (HSP40) (Heat shock protein J)	DNAJ_ECOLI	DNAJ_BACSU	991.5	51.8	67.0	25	9

Задание 2

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identify	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1,%	Coverage 2,%
Cell division protein ZapA (Z ring-associated protein ZapA)	ZAPA_ECOLI	ZAPA_ BACSU	50	16.5	48.1	9	3	77.0	84.7
DNA helicase IV (EC 3.6.4.12)	HELD_ECOLI	HELD_ BACSU	207.0	20.1	32.1	259	34	95.1	90.6
Chaperone protein DnaJ (HSP40) (Heat shock protein J)	DNAJ_ECOLI	DNAJ_ BACSU	998.0	52.5	68.0	19	9	98.7	99.2

Задание 3

Protein Names	ID1	ID2	Score	% Identify	% Similarity	Gaps	Indels
Iron(III) enterobactin esterase (EC 3.1.1.108) (Enterochelin esterase) (Ferric enterobactin esterase)- Uric acid permease PucK	FES_ECOLI	PUCK_BACSU	17.5	2.7	4.7	698	8

Protein Names	ID1	ID2	Score	% Identify	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1,%	Coverage 2,%
Iron(III) enterobactin esterase (EC 3.1.1.108) (Enterochelin esterase) (Ferric enterobactin esterase)- Uric acid permease PucK	FES_ECOLI	PUCK_BACSU	43.5	23.5	34.8	32	5	22.75	25.1

Задание 4

Для выравнивания взята мнемоника DNAJ_, имя белка из Escherichia coli: Chaperone protein DnaJ. Найдено 604 белка, выбраны: dnaj_ecoli, dnaj_bacsu, dnaj_rhird, dnaj_strpn, dnaj_metma, dnaj_salty, dnaj_halsa

Выравнивание сделано программой muscle, затем импортировано в Jalview

В выравнивании можно увидеть несколько консервативных участков(колонки: 6; 8; 11-15;21-26; 29; 33-36;38; 45; 47-51; 53-55; 58;60 63-65; 67-68; 71-72 ), что говорит о общности происхождения этих белков

Задание 6

Ссылка на colab, честно говоря, код нечитаемый и кривой, так что лучше его не видеть..

Но все же программа работает)