Практикум 2
Задание 1
Структуры сгенерированы с помощью программы fiber(пакет 3DNA), последовательность представляет из себя 5 повторов GATC
Задание 2
Заданное основание -цитозин. Атомы, обращенные в сторону большой бороздки, выделены красным, атомы, обращенные к малой, синим.
В сторону большой бороздки повернуты: N3, C4, N4, C5, C6;
В сторону малой: C2, O2;
Цитидин нарисован и покрашен с помощью MarvinSketch.
Характеристика форм ДНК
| Форма ДНК | Тип спирали | Шаг спирали, Å | Число оснований на виток | Ширина большой бороздки, Å | Ширина малой бороздки, Å |
| A | Правая | 28.03 | 11 | 16.81 | 7.98 |
| B | Правая | 33.75 | 10 | 17.21 | 11.69 |
| Z | Левая | 43.5 | 12 | 18.3 | 7.2 |
Задание 3
Упражнение 2
С помощью программы find_pair научился находить спаренные основания: всего было найдено 30 взаимодействий, из которых 9 приходятся на неканонические. Определил границы стеблей(см. картинку) в молекуле тРНК.
Промежутки спаренных оснований покрашены в различные цвета, черным- остальная часть молекулы. Обнаружено 4 стебля с границами: (1,7:77:66), (49:55, 65:58), (36:44,33:28), (10:13, 25:22). Среди вышеупомянутых неканонических взаимодействий есть: 4*G-U, 2*U-A, U-U, G-A и C-A.
Помимо стеблевых пар оснований в молекуле присутсвуют и другие, которые, судя по заданию :), поддержиают третичную структуру тРНК. Всего их 5: U-G(55;18), G-C(15;48), GU(16;17), GC(19;56), AU(8,14).
Упражнение 3
Среди данных по перекрываниям последовательных пар оснований резко выделяются 7 пар bp. Визуализирую пару из них(ну,показывать все 7 как-то многовато...).
.png)
Взаимодействия 58го аденина c 18-ым гуанином и 54-го урацила c 55-ым
.png)
Стэкинги 3G c 4C и 70C c 69G