Практикум 3
Задание 1
Характеристика форм ДНК
| Участок структуры | Акцепторный стебель | D-стебель | T-стебель | Антикодоновый стебель | Общее число канонических пар нуклеотидов |
| Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | (1:7,77:66) | (10:25) | (49:65) | (28:44) | 25 |
| Результаты предсказания с помощью einverted | (1:7, 57:63) | 7:32 | 49:57 | 32:40 | 23 |
| Результаты предсказания по алгоритму Зукера | (1:7, 67:73) | 10:26 | 50:66 | 28:44 | 22 |
Задание 2
Упражнение 1
Вся структура 1r4o
ДНК в составе комплекса
ДНК в составе комплекса + выделенные атомы O дезоксирибозы
ДНК в составе комплекса + выделенные атомы O в остатках фосфорной кислоты
ДНК в составе комплекса + выделенные атомы N
Упражнение 2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 5 | 30 | 40 |
| остатками фосфорной кислоты | 1 | 20 | 40 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 10 | 10 | 25 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 4 | 3 | 8 |
Упражнение 3
Тут случилась внезапная ошибка:
Поэтому возьму другую, но уже работающую структуру(1ozj), схема ДНК-белковых контактов представлена ниже:
Упражнение 4
1. Посчитав кол-во связей разлчных аминокислотных остатков, я понял, что Lys81(B) имеет набольшее кол-во связей с ДНК
Визуализация взаимодействия Lys81 с ДНК в Jmol
2. Чтобы сделать предположение насчет важнейшей аминокислоты для распознавания ДНК, посмотрел на ближайшие к ДНК атомы различных а.о. белка, визуализация:
Судя по картинкам этот а.о. принадлежит аргенину 74 цепи B(картинкикликабельны, можно посмотреть поближе :-])
Визуализация относительного месторасположения Arg74 B и ДНК(напоминаю, картинки кликабельны)