Практикум 9
Задание 1
Для выполнения 1-го задания решил выбрать упражнения: 1,2,4,8 и 9. Команды перечислены ниже, если не подойдет 1-ая, могу переделать :) .
Команды:
- 1)for i in *.fasta ; do cat i >> united_file.fasta ; done
- 2)seqretsplit -filter file.fasta
- 4)transeq -filter file1.fasta file2.fasta -table 11
- 8)featcopy -filter -features file1.embl -outfeat file2.gff -fformat1 embl -offormat2 gff
- 9)extractfeat -filter -sequence file1.embl -outseq file2.fasta -type CDS -join
Задание 2
Конвейеры, выполняющиеся при запуске скрипта:
- 1)epost -db 'nuccore' -id $1 -format acc | efetch -format 'docsum' -mode 'json' > $1.json
- 2)epost -db 'nuccore' -id $1 -format acc | elink -target 'protein' -batch | efetch -format 'fasta' >> $1_proteins.fasta
- 3)epost -db 'assembly' -id $2 -format acc | efetch -format 'docsum' -mode 'xml'|xtract -pattern 'DocumentSummary' -element 'DocumentSummary/Id','DocumentSummary/ContigN50'