Практикум 4

Задание 1

Последовательность белка CLPX Escherichia coli была выровнена со всеми белками протеомов выбранных мной бактерий. Находки, прошедшие порог в E-value = 1e-3 представлены ниже:

Мнемоника	E-value
Q6NFB1_CORDI	7.07e-05
CLPX_LEIXX	2.07e-180
Q6ACQ0_LEIXX	4.06e-04
CLPX_ARTS2	0.0
A0K1M3_ARTS2	1.19e-07
RUVB_ARTS2	5.83e-04
CLPX_BIFLO	1.86e-149
Q8G871_BIFLO	1.43e-06
RUVB_BIFLO	3.60e-04
Q8G3S2_BIFLO	4.07e-04
CLPX_MYCLE	0.0
CLPX_CLAMS	3.17e-173
CLPX_COREF	0.0
Q8FMH5_COREF	2.38e-05

Задание 2

C помощью алгоритма FastMe построил дерево: отображение в newick формате. На дереве видны следующие пары предполагаемых ортологов: CLPX_CLAMS и CLPX_LEIXX; CPLX_MYCLE и CLPX_COREF; RUVB_ARTS2 и RUVB_BIFLO, и пары вероятных паралогов: CLPX_BIFLO и Q8G871_BIFLO; A0K1M3_ARTS2 И RUVB_ARTS2; RUVB_BIFLO и Q8G871_BIFLO.

Рис.1 Дерево с покрашенными в разные цвета ортологическими группами

Рис.2 Дерево со схлопнутыми ортологическими группами: красная группа включает в себя CLPX_BIFLO, CLPX_CLAMS, CLPX_ARTS2, CLPX_MYCLE, CLPX_COREF, CLPX_LEIXX; в зеленую же входят A0K1M3 ARTS2, Q8G871 BIFLO, Q8FMH5 COREF, Q6NFB1 CORDI (произошла инверсия цветов, ориентируюсь на рис.1)

Выводы

Интересно то, что топологическая структура 2-x ортологических групп довольно сильно похожа на филогенетическое дерево выбранных бактерий. Правда, видно, что расположение листа c BIFLO в красной ортологической группе отличается от его расположения на филогенетическом дереве, отмечу, что ветвь, отделяющая белок этого организма, есть лишь в 41 из 100 деревьев ("неподдержанная ветвь"), топология же зеленой группы согласуется полностью.

Рис.3 Филогенетическое дерево выбранных бактерий.

Все белки, входящие в состав красной группы, имеют мнемонику ClpX, участвуют в ATP-зависимой деградации белков. Белки зеленой группы же имеют разные мнемоники, но обладают одной общей активностью- ATP-связывающей, остальные же различаются: Q6NFB1- шаперон, а A0K1M3 им не является.