Практикумы 3, 4, 5
Структуры
1. В практикуме можно найти описание структуры и функций фермента из бактерии Helicobacter pylori. Неорганическая пирофосфатаза (PPase) представляет собой цитозольный фермент, катализирующий гидролиз неорганического пирофосфата (PPi) к ортофосфату (Pi)
2. В структуре данного белка присутствуют шесть полимерных цепей A, B, C, D, E, F, которые являются полностью идентичными. В этом можно убедиться, сравнив аминокислотные последовательности обеих цепей, которые представлены в разделе SEQRES PDB-файла с описанием структуры белка. Сравнение последовательностей аминокислот в полимерных цепях происходило с помощью Python скрипта.
3. Обратившись к разделу файла в формате .pdb под названием REMARK350, можно обнаружить, что биологическая единица представлена гексамером, следовательно, в нее входят одновременно все шесть цепей: A, B, C, D, E, F.
Рис.1. Структура описываемого белка 1YGZ. На рисунке показаны шесть цепей гексамера.
Отдельные цепи
1. Все полимерные цепи относятся к одному организму - Helicobacter pylori.
2. Uniprot_id для каждой цепи - P56153. Название - Inorganic pyrophosphatase. Функция - катализирует гидролиз неорганического пирофосфата (PPi) с образованием двух фосфатных ионов.
3. Мутаций ни в одной из цепей нет
4. В каждой полимерной цепи присутствует по четыре модифицированных аминокислотных остатка - MSE(SELENOMETHIONINE). Информацию об этом можно найти в разделе MODRES PDB файла.
Рис.2. Вторичная структура описываемого белка 1YGZ. На рисунке видно что альфа-спиралей и бета-листов примерно равное количество.
Малые молекулы
1. Из малых молекул в данном белке можно найти только молекулы воды - HOH, в количестве 446 единиц.
Взаимодействия
В этом разделе будут продемонстрированы некоторые взаимодействия, которые присутствуют в белке 1YGZ
Рис.3. Водородные связи, затрагивающие атомы остова белка.
Рис.4. Водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот.
Рис.5. Солевой мостик.
Рис.6. Цистеины.
Рис.7. Ароматические кольца.
Отдельные цепи
1. Все полимерные цепи относятся к одному организму - Helicobacter pylori.
2. Uniprot_id для каждой цепи - P56153. Название - Inorganic pyrophosphatase. Функция - катализирует гидролиз неорганического пирофосфата (PPi) с образованием двух фосфатных ионов.
3. Мутаций ни в одной из цепей нет
4. В каждой полимерной цепи присутствует по четыре модифицированных аминокислотных остатка - MSE(SELENOMETHIONINE). Информацию об этом можно найти в разделе MODRES PDB файла.
Малые молекулы
1. Из малых молекул в данном белке можно найти только молекулы воды - HOH, в количестве 446 единиц.
Взаимодействия
В этом разделе будут продемонстрированы некоторые взаимодействия, которые присутствуют в белке 1YGZ
Рис.3. Водородные связи, затрагивающие атомы остова белка.
Рис.4. Водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот.
Рис.5. Солевой мостик.
Рис.6. Цистеины.