Визуализация молекул в JMol

Визуализация APO человеческой прогепараназы (APO Human Proheparanase)

Ссылка на скрипт
Таблица 1. Параметры водородных связей между остовными связями во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (A) Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1 O(2619ALA) - N(2630PHE) 3.75 110.6
2 O(2624ALA) - N(2649TRP) 3.21 151.1
3 O(2621ALA) - N(2601THR) 3.13 115.8
4 O(2691LEU) - N(2714ALA) 2.96 148.2
5 O(2711SER) - N(2738GLY) 3.23 148.9
Бета-тяжи
1 O(2125HIS) - N(2515SER) 3.18 162.9
2 O(2502GLU) - N(2122HIS) 3.17 156.4
3 O(2460LYS) - N(2084VAL) 2.82 159.0
4 O(2524SER) - N(2156LEU) 3.23 150.1
5 O(2476TRP) - N(2098TRP) 3.16 162.3
Исходя из данных таблицы 1, которые были получены с помощью программы J(S)mol, для альфа-спирали среднее значение длины между атомами N и O в водородной связи - 3.26 А, среднее значение угла N-O-C - 134.9°. Для бета-тяжа 3.11 А и 158.1° соответственно. Из этих данных трудно сделать какие-то однозначные выводы, для этого необходимо большее количество измерений. Максимальный угол водородной связи достигает значения 162.9°, минимальный 110,6°. Максимальная длина водородной связи 3.75 А, минимальная - 2.82 А. Идеальными значениями является угол в 180° и длина связи 3.00 А. Реальные значения отличаются от идеальных, скорее всего потому, что общая конформация вторичной стуктуры этого не позволяет, атомы соседних остатков сближаются больше, чем на расстояние их контактных (вандерваальсовых) радиусов.

Литература