Выравнивание белковых последовательностей

Сравнивались два полипротеина POLG_FMDV1 (P03306) и POLG_POL2W (P23069)

Карта локального сходства полипротеина вируса ящура и полипротеина вируса полиомиелита

Таблица 1. Характеристики двух лучших выравниваний

№ ID AC %, Identiteis %, Positives Score Score in bits Gaps Site length Mature proteins
1 POLG_POL2W P23069 29 48 633 248 61 613 RNA-directed RNA polymerase, Protease 3C
POLG_FMDV1 P03306 644 RNA-directed RNA polymerase 3D-POL, Picornain 3C
2 POLG_POL2W P23069 36 49 397 157 43 306 Protein 2C
POLG_FMDV1 P03306 275 Protein 2C

Сраванение веса выравнивания со случайным

Таблица 2. Сравнение веса выравнивания со случайным в разных парах белков

Для предположительно гомологичных белков
IDs Score Score in bites Median Q1 P
ACSA_BACSU, ACSA_ECOLI 968.5 90.6 63.5 73.5 5.3*10-28
Для предположительно негомологичных белков
TAL_BACSU, STPA_ECOLI 42.5 2.875 32.0 36.0 0.14

Поиск гомологов

Таблица 3. Выравнивание BAK10117.1 с двумя наиболее близкими белками

№ ID AC Organism %, Identiteis %, Positives Score Score in bits Gaps Site length of BAK10117.1 Site length of homologues Expect %, Coverage of BAK10117.1
1 DPO2_ECOLI P21189.2 Escherichia coli K-12 76 86 3234 1250 1 782 781 0.0 97
2 DPOL_PYRAB P0CL77.1 Pyrococcus abyssi GE5 25 45 412 163 116 713 693 2*10-40 88
© Нестеренко Екатерина 2018