Работа с сервисом BLAST

1.Характеристика списка находок

Таблица 1. Характеристика списка гомологов белка BAK10117.1 (стандартные параметры)
Общее число находок Число находок с E-value < 0.001 Максимальное E-value
92 90 0.025
Список лимитирован значением E-value, так как при стандартных параметрах выдачи, BLAST вывел 92 выровненные последовательности. У находки под 92-ым номером E-value равен 0.025.

2. Изменение длины слова

Таблица 2. Характеристика списка, длина слов - 2
Параметр: количество выведенных выравниваний Общее число находок Число находок с E-value < 0.001 Максимальное E-value
100 100 100 5*10-8
250 145 133 8.2

3. Изменение объема поиска

Выбранная находка: Pyrococcus abyssi GE5
Таксономия Pyrococcus abyssi GE5:
  • Domain: Archea
  • Phylum: Euryarchaeota
  • Class: Thermococci
  • Order: Thermococcales
  • Family: Thermococcaceae
  • Genus: Pyrococcus

    • E-value (в предыдущем поиске): 2*10-40

    E-value (в поиске с ограничением по таксону - Euryarchaeota): 4*10-42

    Разница в два порядка обусловлена уменьшением базы поиска. Найдено всего 35 белков. Белки этого таксона составляют пятидесятую часть от изначального банка.

    Вес меняться не должен, потому что выравниваются те же самые белки. И действительно, вec (Score) остается тем же самым, и в битах (163) и обычный (412).
    © Нестеренко Екатерина 2018