Выравнивание поледовательностей
Таблица 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| Acetyl-coenzyme A synthetase |
ACSA_BACSU |
ACSA_ECOLI |
967.5 |
34.9 |
50.9 |
104 |
21 |
| Inactive D-aminoacyl-tRNA deacylase |
DTD_BACSU |
DTD_ECOLI |
303.0 |
40.4 |
58.2 |
15 |
2 |
| Transcriptional repressor NrdR |
NRDR_BACSU |
NRDR_ECOLI |
344.0 |
47.1 |
63.9 |
9 |
2 |
Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков
| Protein Name |
ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
% Coverage 1 |
% Coverage 2 |
| Acetyl-coenzyme A synthetase |
ACSA_BACSU |
ACSA_ECOLI |
968.5 |
36.7 |
53.2 |
77 |
20 |
99.1 |
95.1 |
| Inactive D-aminoacyl-tRNA deacylase |
DTD_BACSU |
DTD_ECOLI |
306.0 |
46.8 |
66.7 |
0 |
0 |
82.9 |
86.9 |
| Transcriptional repressor NrdR |
NRDR_BACSU |
NRDR_ECOLI |
347.0 |
49.0 |
66.7 |
0 |
0 |
96.7 |
98.7 |
Таблица 3.1 Глобальное выравнивание неродственных белков
| ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
| TAL_BACSU |
STPA_ECOLI |
32.5 |
16.4 |
30.0 |
94 |
11 |
Таблица 3.2 Локальное выравнивание неродственных белков
| ID 1 |
ID 2 |
Score |
% Identity |
% Similarity |
Gaps |
Indels |
% Coverage 1 |
% Coverage 2 |
| TAL_BACSU |
STPA_ECOLI |
42.5 |
19.2 |
35.3 |
54 |
6 |
69.8 |
82.0 |
Вес выравнивания последовательностей неродственных белков значительно ниже, чем у родственных. Также увеличивается количество гэпов, а процент схожих участков падает.
В графе Simularity в выравнивании гомологичных белков проценты держатся на урове выше 50. Аминокислоты если и не одинаковые, то с похожими свойствами.
А у неродственных белков значения в этой графе очень низкие. Белки негомологичны.
Импорт выравнивания в Jalview
Глобальное выравнивание белков ACSA_BACSU и ACSA_ECOLI в виде проекта Jalview
Множественное выравнивание белков
Глобальное выравнивание белков в виде проекта Jalview
Выравнивание было произведено среди белков DTD_ECOLI, DTD_BACSU, DTD_PLAF7, DTD_DROME, DTD_AQUAE, DTD_HAEIN, DTD_BACAM. Всего белков,
в мнемонике которых содержится 'DTD_' - 538. Белки выровнялись достаточно хорошо, они все короткие, около 200 аминокислот. Судя по картине в
Jalview можно сказать, что они все гомологичны. Возможно, расхождения начали появляться давно, но гомологичные участки присутствуют. Что удивительно,
в нескольких местах сохраняется у всех белков такая простая аминокислота, как глицин (позиции 36, 42, 97, 135). Вероятно важную роль играют также
аспартат, изолейцин, пролин, и ряд других аминокислот, присутствующих во всех белках. Можно выделить несколько крупных гомологичных участков позиции
c 86 по 91, с 147 по 152.
© Нестеренко Екатерина 2018