Практикум по UniProt

Таблица 1. Описание белка L-лизин 6-оксидазы (L-lysine 6-oxidase)

UniProt ID LODA_MARM1
UniProt AC F2JXJ3
RefSeq ID WP_013661796.1
PDB ID 2YMW, 3WEU, 3WEV
Длина (в аминокислотах) 726
Молекулярная масса (Da) 80880
Рекомендуемое UniProt название L-lysine 6-oxidase

Комментарий к таблице 1.

В таблице 1 предствлена информация о белке - L-лизин 6-оксидазе. Выделен он из бактерии Marinomonas mediterranea. Данный белок обладает антибактериальной активностью против широкого круга грам-положительных и грам-отрицательных бактерий. Особые свойства проявляются благодаря тому, что он является ферментом и катализирует реакцию образования пероксида водорода.
L-lysine + O2 + H2O = (S)-2-amino-6-oxohexanoate + H2O2 + NH3.
Белок был занесен в базу UniProtKB/Swiss-Prot 5-го сентября 2012 года. ОН состоит из двух цепей. Другие основные данные указаны в таблице 1. Его ID номер, как фермента - EC:1.4.3.20. Имеет к составе кофактор - остаток цистеин триптофенилхинон`.

Таблица 2. Информация о кластерах

UniRef Cluster Name Cluster ID Size
UniRef50 L-lysine 6-oxidase UniRef50_F2JXJ3 13
UniRef90 L-lysine 6-oxidase UniRef90_F2JXJ3 2
UniRef100 L-lysine 6-oxidase UniRef100_F2JXJ3 2

Информация о сеансах поиска

  1. По рекомендованному названию белка


    Текст запроса: name:"l lysine" "6 oxidase"

    Результат поиска

    Общее количество записей: 43

    Swiss-Prot reviewed: 1
  2. По рекомендованному названию белка только в данном организме


    Текст запроса: name:"l lysine" "6 oxidase" organism:"marinomonas mediterranea"

    Результат поиска

    Общее количество записей: 1

    Swiss-Prot reviewed: 1
  3. По рекомендованному названию белка только в данном семействе


    Текст запроса: name:"l lysine" "6 oxidase" taxonomy:oceanospirillaceae

    Результат поиска

    Общее количество записей: 3

    Swiss-Prot reviewed: 1
  4. По рекомендованному названию белка только в данном отделе


    Текст запроса: name:"l lysine" "6 oxidase" taxonomy:proteobacteria

    Результат поиска

    Общее количество записей: 24

    Swiss-Prot reviewed: 1
  5. Поиск по слову лизоцим без ограничения на организмы


    Текст запроса: name:"lysozyme"

    Результат поиска

    Общее количество записей: 24247

    Swiss-Prot reviewed: 239
  6. Поиск по слову лизоцим среди членистоногих


    Текст запроса: name:"lysozyme" taxonomy:arthropoda

    Результат поиска

    Общее количество записей: 995

    Swiss-Prot reviewed: 18
  7. Поиск по слову лизоцим среди грибов


    Текст запроса: name:"lysozyme" taxonomy:fungi

    Результат поиска

    Общее количество записей: 293

    Swiss-Prot reviewed: 2
  8. Поиск по трипсину


    Текст запроса: name:trypsin

    Результат поиска

    Общее количество записей: 18951

    Swiss-Prot reviewed: 311
  9. Поиск по ингибитору трипсина


    Текст запроса: name:trypsin name:inhibitor

    Результат поиска

    Общее количество записей: 3914

    Swiss-Prot reviewed: 210
Ресурсы и информация

© Нестеренко Екатерина 2018