A-, В- и Z- формы ДНК. Структура РНK

Целью данного практикума было сравнить строение разных форм ДНК, и ДНК с РНК. А также научиться работать с пакетом 3DNA. Пакет 3DNA - один из популярных пакетов программ для анализа и простейшего моделирования структур нуклеиновых кислот, который работает под операционной системой LINUX.

Задание 1.

В этом задании мы учились использовать пакет 3DNA для получения пространственных структур ДНК. Ниже представленны ссылки на полученные файлы в формате pdb. Цепи Z-формы состоят из последовательности GCGCGCGC. Благодаря этому она имеет такую форму.
A-форма B-форма Z-форма

Задание 2.

В данном задании необходимо было выбрать одну форму ДНК и определить, где малые и большие борозки, для того, чтобы у какого-то выбранного основания раскрасить атомы. Красные смотрят в сторону большой борозки, а синие в сторону малой. Была выбрана A-форма.

Рисунок 1. Цитозин
В сторону большой бороздки смотрят атомы: DC28: C6, C5, C4, N4. В сторону малой бороздки смотрят атомы: DC28: C2, O2. Неопределенного направления: DC28: N1, N3.
Таблица 1. Сравнение некоторых параметров разных форм ДНК
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (A) 28.03 33.75 43.50
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (A) 7.98 [DA]26:B.P #515 - [DG]9:A.P #165 17.21 [DG]29:B.P #575 - [DG]9:A.P #165 9.86 [DC]16:A.P #310 - [DG]29:B.P #575
Ширина малой бороздки (A) 16.81 [DG]9:A.P #165 - [DA]34:B.P #679 11.69 [DT]15:A.P #290 - [DA]30:B.P #597 18.30 [DC]30:B.P #597 - [DC]8:A.P #146

Задание 3.

Упражнение 1.

Таблица 2. Сравнение торсионных углов в градусах
Alpha Beta Gamma Delta Epsilon Zeta Chi
A-форма -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
B-форма -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0
тРНК -30,13 35,25 39,83 85,46 -131,987 -52,33 -123,71
Трудно сравнивать значения столь различные, но кажется, что тРНК больше хороша на A-форму ДНК. Близки по значениям углы: гамма, дельта, дзета и кси. (Gamma, Delta, Zeta, Chi)

Упражнение 2. Структура РНК.

Координаты стеблей в тРНК можно найти в файле XXXX.out, где XXXX - это PDB ID молекулы. Информация о структуре была получена с помощью команды:
find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze
Исследовалась структура 1FFY и было обнаружено 4 стебля.
Координаты стеблей (указаны номера нуклеотидов)
Strand 1 Strand 2
1 - 7 66 - 72
49 - 53 61 - 65
38 - 44 26 - 32
10 - 13 22 - 25
Неканонические пары оснований перечислены ниже. В файле XXXX.out указано, что в структуре имеется 10 не Уотсон-Криковских взаимодействий. Не всегда это очевидно из-за записей в файле, потому как взаимодействовать могут привычные коплиментарные пары, но с образованием других водородных связей. Они выделены жирным шрифтом.

5_:[..U]U-*---G[..G]:..68

49_:[..G]G-*---U[..U]:..65

54_:[..U]U-**--A[..A]:..58

55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18

36_:[..U]U-**+-U[..U]:..33

38_:[..A]A-**--C[..C]:..32

44_:[..A]A-**--G[..G]:..26

14_:[..A]A-**--U[..U]:...8

15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48

16_:[..G]G-**--U[..U]:..17
Информацию о дополнительных водородных связях для стабилизации структуры тРНК можно найти все в том же файле XXXX.out. Это те связи, которые не вошли в состав стеблей и характерны для обеих цепей.

(0.005) ....>T:..54_:[..U]U-**--A[..A]:..58_:T<.... (0.007)

(0.008) ....>T:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:T<.... (0.011)

(0.006) ....>T:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:T<.... (0.008)

(0.005) ....>T:..16_:[..G]G-**--U[..U]:..17_:T<.... (0.003)

(0.008) ....>T:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:T<.... (0.004)

(0.011) ....>T:..36_:[..U]U-**+-U[..U]:..33_:T<.... (0.005)

© Нестеренко Екатерина 2018