Целью этой работы было научиться пользоваться банками нуклеотидных последовательностей.
Поиск информации о сборке генома утконоса производился базу данных Genome на сайте NCBI. Найдено две сборки генома.
Для сборки GCF_000000135.1 ниже представлены некоторые характеристики.
| № |
Название ключа |
Описание ключа |
Пример |
Ссылка на запись |
| 1 |
assembly_gap |
Границы разрыва между участками генома или транскриптома. |
assembly_gap 1989..2140
/estimated_length=152
/gap_type="within scaffold"
/linkage_evidence="paired-ends"
|
ссылка |
| 2 |
STS |
Помеченный участок последовательности (sequence-tagged site). Характеризует определенный
участок в геноме, для которого известно положение и точная последовательность нуклеотидов.
Он может быть выявлен с помощью ПЦР.
|
STS 2317..2510
/standard_name="RH136367"
/db_xref="UniSTS:210357"
|
ссылка |
| 3 |
misc_feature |
Место в последовательности, которое представляет интерес для изучения, но другие ключи для описания
не подходят. Новая или редкая черта последовательности. |
misc_feature 2719..2806
|
ссылка |
| 4 |
D-loop |
Петля смещения. Участок внутри митохондриальной ДНК, в котором РНК связана с
одной цепью ДНК, вытесняя оригинальную вторую цепочку ДНК. Также используется для описания
вытеснения одной цепочки ДНК из дуплекса одноцепочной вставкой, реакция катализируется RecA белком. |
D-loop 15736..16916 |
ссылка |
| 5 |
ncRNA |
Обозначает участок гена, кодирющий не белок, не транспортную РНК и не рибосомальную РНК.
Участок кодирует какую-то РНК. |
ncRNA join(21952..22941,22998..24237)
/ncRNA_class="antisense_RNA"
/gene="CR43609"
/locus_tag="Dmel_CR43609"
/gene_synonym="Dmel\CR43609"
/product="CR43609"
/note="CR43609-RA; Dmel\CR43609-RA"
/transcript_id="NR_047865.1"
/db_xref="FLYBASE:FBtr0309810"
/db_xref="GeneID:12797867"
/db_xref="FLYBASE:FBgn0263584"
|
ссылка |
| 6 |
regulatory |
Любой участок последовательности, который участвует в регуляции трансляции, транскрипции
репликации или chromatin structure. |
regulatory 323075..323919
/standard_name="PTPRC intron CAGE-defined mid-level
expression enhancer"
/note="Region: biological region; Derived by automated
computational analysis using gene prediction method:
Curated Genomic."
/db_xref="GeneID:108281163"
|
ссылка |
| 7 |
exon |
Участок генома, который кодирует части РНК, остающиеся после сплайсинга. |
exon 141797..142149
/gene="LOC100288016"
/note="Derived by automated computational analysis using
gene prediction method: Curated Genomic."
/pseudo
|
ссылка |
Проект генома пчелы (Honey Bee Genome Project) был начат в 2002 году американскими учеными. На данный момент анализ данных в 20 лабораториях завершен.
В 2011 году была выпущена
последняя версия генома Apis mellifera (honey bee) - медовая пчела. Почему важно изучить геном пчелы? Пчелы -
важный элемент жизненного цикла растений, благодаря им происходит опыление растений и их дальнейшее развитие. Так же на пчелах можно изучать
механизмы разных заболеваний, связанных с человеком, так как у пчел есть некоторые важные гены, схожие с генами млекопитающих. А еще ученым было интересна социальная
организация пчел и поведенческие черты.
В итоговой последовательности около 10000 генов и 236 миллионов пар оснований. Проект спонисировался National Human Genome Research Institute (NIH)
и United States Department of Agriculture (USDA).
Несколько ссылок о проекте:
National human genome institute
Baylor college of medicine
