Филогенетическое дерево

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий, и в других практикумах использовать его.

Были отобраны следующие семь бактерий. Общее таксоны для всех бактерий - Bacteria; Proteobacteria. Таблица назвний и мнемоник используемых бактерий

Название	Мнемоника	Таксономия
Acidiphilium cryptum	ACICJ	Alphaproteobacteria; Rhodospirillales; Acetobacteraceae; Acidiphilium
Bartonella henselae	BARHE	Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Bartonellaceae; Bartonella
Neisseria meningitidis	NEIMA	Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Paracoccus denitrificans	PARDP	Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Paracoccus
Pasteurella multocida	PASMU	Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
Saccharophagus degradans	SACD2	Gammaproteobacteria; Cellvibrionales; Cellvibrionaceae; Saccharophagus
Yersinia pestis	YERPE	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex

Для вышепреведенных бактерий скобочная формула филогенетического дерева выглядит так:

((((YERPE, PASMU), SACD2), NEIMA),(ACICJ,(PARDP, BARHE)))

Получилось вот такое филогенетическое дерево:

У полученного филогенетического дерева 4 нетривиальные ветви.

{YERPE, PASMU} vs {SACD2, NEIMA, ACICJ, PARDP, BARHE}

{YERPE, PASMU, SACD2} vs {NEIMA, ACICJ, PARDP, BARHE}

{YERPE, PASMU, SACD2, NEIMA} vs {ACICJ, PARDP, BARHE}

{YERPE, PASMU, SACD2, NEIMA, ACICJ} vs {PARDP, BARHE}