Работа с KEGG и другими базами метаболических путей.

Общие сведения о метаболическом пути галактозы.

Рисунок выше представляет собой карту метаболического пути галактозы. ID - map00052 Красными точками отмечены вещества, через которые метаболический путь галактозы связан с другими метаболическими путями, отмеченными синим.
Метаболизм галактозы позволяет превратить ее в вещества необходимые в других метаболических путях. Она может окисляться до воды и углекислого газа, что позволяет использовать ее для синтеза гликогена и триацилгрицеридов. Галактоземия - заболевание, при котором фермент галактозо-1-фосфатуридилтрансфераза отсутствует или неправильно функционирует, и галактоза не превращается в глюкозу. В детском возрасте галактоза является главной составляющей частью лактозы - основного углевода молока.
Начальным веществом является лактоза.

Конечными вещества являются - глицеральдегид, фруктоза, глюкоза.


Метаболический путь галактозы в разных доменах жизни.

Были выбраны следующие организмы:
Название Таксономическое положение
Papilio machaon - Махаон Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Hexapoda; Insecta;
Psychrobacter arcticus Prokaryota; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales;
Archaeoglobus profundus Archaea; Euryarchaeota; Archaeoglobi; Archaeoglobales;

Карты метаболического пути галактозы для выбранных организвом представлены ниже. Зеленым покаршены рамки с ID ферментов, которые присутствуют у данного организма. Зелеными точками отмечены образующиеся вещества.

butterfly map В качестве эукариотического организма была выбрана бабочка Махаон. У нее имеется большое количество ферментов, с помощью которых из галактозы или лактозы серией последовательных реакций получается глюкоза, фруктоза, глицерин, и другие многоатомные спирты. Таким образом, у Махаона осуществляется метаболизм галактозы до более простых сахаров, многоатомных спиртов, но не до глицеральдегидов.

bacteria map У бактерий присутствует всего два фермента - пирофосфорилаза глюкозы (UDP-glucose pyrophosphorylase, [EC:2.7.7.9]) и 4-эпимераза галактозы (UDP-galactose 4-epimerase, [EC:5.1.3.2]). Осуществляется всего одно превращение из галактозы в глюкозу и связь с метаболизмом взаимопревращений пентозы и глюкуроната.

archaea map У выбранной археи есть три фермента - два, такие же, как у бактерии и один - фосфоманномутаза/фосфоглюкомутаза (phosphomannomutase/phosphoglucomutase [EC:5.4.2.8, 5.4.2.2]), с помощью которого осуществляется перемещении фосфата с положения 1 в положение 6 у глюкозы. Метаболизм галактозы осуществляется частично, есть связь с гликолизом и взаимопревращениями пентозы и глюкуроната.

Работа с KEGG REACTION.

Реакция восстановления галактозы с образованием галактитола в базе данных KEGG.

Фермент - альдоредуктаза. (EC: 1.1.1.21)
Идентефикатор реакции R02820

Схема реакции представлена ниже.





На карте метаболического пути ниже реакция выделена красным цветом.



© Нестеренко Екатерина 2019