Работа с KEGG и другими базами метаболических путей.
Общие сведения о метаболическом пути галактозы.
![](cut-galactose.JPG)
Рисунок выше представляет собой карту метаболического пути галактозы. ID -
map00052
Красными точками отмечены вещества, через которые
метаболический путь галактозы связан с другими метаболическими путями, отмеченными синим.
Метаболизм галактозы позволяет превратить ее в вещества необходимые в других метаболических путях.
Она может окисляться до воды и углекислого газа, что позволяет использовать ее для синтеза гликогена
и триацилгрицеридов. Галактоземия - заболевание, при котором фермент галактозо-1-фосфатуридилтрансфераза
отсутствует или неправильно функционирует, и галактоза не превращается в глюкозу.
В детском возрасте галактоза является главной
составляющей частью лактозы - основного углевода молока.
Начальным веществом является лактоза.
Конечными вещества являются - глицеральдегид, фруктоза, глюкоза.
Метаболический путь галактозы в разных доменах жизни.
Были выбраны следующие организмы:
Название |
Таксономическое положение |
Papilio machaon - Махаон |
Eukaryota; Metazoa; Ecdysozoa; Arthropoda; Hexapoda; Insecta; |
Psychrobacter arcticus |
Prokaryota; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; |
Archaeoglobus profundus |
Archaea; Euryarchaeota; Archaeoglobi; Archaeoglobales; |
Карты метаболического пути галактозы для выбранных организвом представлены ниже. Зеленым покаршены рамки с ID
ферментов, которые присутствуют у данного организма. Зелеными точками отмечены образующиеся вещества.
butterfly map
В качестве эукариотического организма была выбрана бабочка Махаон. У нее имеется большое количество
ферментов, с помощью которых из галактозы или лактозы серией последовательных реакций получается
глюкоза, фруктоза, глицерин, и другие многоатомные спирты. Таким образом, у Махаона осуществляется
метаболизм галактозы до более простых сахаров, многоатомных спиртов, но не до глицеральдегидов.
bacteria map
У бактерий присутствует всего два фермента - пирофосфорилаза глюкозы
(UDP-glucose pyrophosphorylase, [EC:2.7.7.9]) и 4-эпимераза галактозы
(UDP-galactose 4-epimerase, [EC:5.1.3.2]). Осуществляется всего одно превращение из галактозы в глюкозу
и связь с метаболизмом взаимопревращений пентозы и глюкуроната.
archaea map
У выбранной археи есть три фермента - два, такие же, как у бактерии и один - фосфоманномутаза/фосфоглюкомутаза
(phosphomannomutase/phosphoglucomutase [EC:5.4.2.8, 5.4.2.2]), с помощью которого
осуществляется перемещении фосфата с положения 1 в положение 6 у глюкозы. Метаболизм галактозы
осуществляется частично, есть связь с гликолизом и взаимопревращениями пентозы и глюкуроната.
Работа с KEGG REACTION.
Реакция восстановления галактозы с образованием галактитола в базе данных KEGG.
Фермент - альдоредуктаза. (
EC: 1.1.1.21)
Идентефикатор реакции
R02820
Схема реакции представлена ниже.
На карте метаболического пути ниже реакция выделена красным цветом.
© Нестеренко Екатерина 2019