Геномное окружение. База данных GO

Белок из первого семестра - BAK10117.1

Название белка	DNA polymerase II PolB
Длина	803 аа
ID КОГа	COG0417
Интервал КОГа	22-803
E-value	0e+00
Название КОГа | COG's name	Субъединица элонгации ДНК-полимеразы (семейство B) [Репликация, рекомбинация, репарация] | PolB, DNA polymerase elongation subunit (family B) [Replication, recombination and repair]
Функциональная категория	L

Геномное окружение исследуемого белка было получено с помощью программы COGNAT (COmparative Gene Neighborhood Analysis Tool), созданной в стенах МГУ им. М.В.Ломоносова.
Параметры запуска программы: COG - COG0417, Neighborhood Size - 11, Occurrence Threshold (%) - 10, Taxonomy - Да.

Легенда к картинке геномного окружения. Розовая стрелка - ген исследуемого белка.

Участок картинки геномного окружения.

PDF-файл выдачи COGNAT
Все внимательно рассмотреть можно в PDF-файле. Выше приведена только часть рисунка геномного окружения, где есть хоть какое-то подобие консервативности. Ген белка SufB - часть SUF системы. Причем закономерность наблюдается в основном в таксоне - Halobacteriaceae. В целом, участки генома вокруг исследуемого белка нельзя назвать консервативными.

Самым похожим белком стал белок DNA polymerase II бактерии Escherichia coli K-12. P-value = 0. Белки вполне можно считать гомологами.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P21189 (DPO2_ECOLI).

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия, термина	Код типа достоверности
Biological process (Биологический процесс)	GO:0071897	DNA biosynthetic process	Синтез ДНК	IDA
Biological process (Биологический процесс)	GO:0045004	DNA replication proofreading	Верификация репликации	IDA
Biological process (Биологический процесс)	GO:0006261	DNA-dependent DNA replication	ДНК-зависимая репликация ДНК	IMP
Biological process (Биологический процесс)	GO:0090305	Nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis	Гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновых кислот	IDA
Biological process (Биологический процесс)	GO:0009432	SOS response	SOS ответ	IEP
Molecular function (Молекулярная функция)	GO:0008296	3'-5'-exodeoxyribonuclease activity	3'-5'-экзо(дезоксирибо)нуклеазная активность	IDA
Molecular function (Молекулярная функция)	GO:0003887	DNA-directed DNA polymerase activity	ДНК-направленная ДНК-полимеразная активность	IDA

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
IDA	Inferred from Direct Assay	Данный код присваивается, когда участие белка в процессе или выполнение функции подтверждено экспериментально.
IMP	Inferred from Mutant Phenotype	Данный код присваивается, когда участие белка в процессе или выполнение функции выявлено на основе функциональных различий в нескольких аллелях данного гена.
IEP	Inferred from Expression Pattern	Данный код присваивается, когда участие белка в процессе или выполнение функции выявлено из данных времени и места экспрессии гена в сравнении с известным местом и временем экспрессии для уже аннотированных генов белков, для которых известно, что они участвуют в данном процессе.

Подводя итоги, в данном практикуме мы определили принадлежность ислледуемого белка к кластеру ортологичных белков COG0417, геномное окружение кластера, в случае исследуемого белка - неконсервативное, а также соотнесли белок с терминами GO. По данным GO ДНК-полимераза II, а точнее ее субъединица, отвечающая за элонгацию, участвует в 4-х биологических процессах и выполняет 2 молекулярные функции. Многие данных об этих ее функциях были получены экспериментально.