Практикум 1. Pymol
1. Pymol
Для работы была получена главная протеаза коронавируса Sars-COV-2 (5RHE). Лиганд, с которым проверялось взаимодействие - UPD.
рис.1 Структурная формула лиганда UPD.
Ниже приведена иллюстрация потенциально возможных контактов белка и лиганда.
Связывание лиганда происходит ковалентно через серу Cys145.
Возможно, есть водородная связь между кислродом (O1) и азотом остова Cys145. Также, скорее всего, есть водородная связь с азотом остова Gly143.
рис.2 Возможные контакты белка с лигандом.
2. ЭП: хорошая и плохая расшифровки
Нам были выданы две структуры разного качества для одного белка. Это - (5TCL) и (5X9L). Сразу можно заметить, что в 5X9L видно ровную аккуратную альфа-спираль (2 на рис.3) и еще две спираль-подобные структуры(1 и 3, рис.3), в 5TCL видно только одну оформленную альфа-спираль и одну их тех спираль-подобных структур в 5X9L. Также в 5X9L плотнее и аккуратнее лежат бета-листы.
Фиолетовым показан 5TCL.
рис.3 Визуальные структурные различия.
Кремовым - 5X9L.Если открыть карты электронной плотности, то видно, что у 5X9L расшифровка лучше, чем у 5TCL - много областей, для которых Z-score плотности выше или равен 3. Это совпадает с данными в RSCB: разрешение для 5X9L - 0.90 Å, а для 5TCL - 3.20 Å.
Для сравнения ниже приведен один и тот же участок этих белков (159-167 а.к.о.).
рис.4 Белок 5TCL. Зеленый - уровень подрезки 2. Оранжевый - уровень подрезки 1.
рис.5 Белок 5X9L. Зеленый - уровень подрезки 2. Оранжевый - уровень подрезки 1.
Плотность 5TCL выглядит размазанной и не оформленной вокруг атомов, чего не скажешь о 5X9L, где плотность на уровне подрезки 1 выглядит как отдельные шарики вокруг атомов, позволяя их различить. Это говорит о том, что разрешение 5X9L действительно лучше, чем разрешение 5TCL. Подобные различия, скорее всего, объясняются неодинаковыми условиями проведения эксперимента.
