Главная Oбо мне Семестры Контактная информация

Практикум 13. Поиск по сходству. BLAST, E-value

Задание 1.

Рисунок 1. Множественное выравнивание.

Верхнее выравнивание сделано с помощью программы T-coffee, нижнее - muscle. Можно наблюдать некоторые различия.
  1. T-coffee выравняла превые метионины последовательностей как гомологичные и была вунуждена добавить индели в выравнивание. Мuscle избегает этого, не выравнивая метионины как гомологичные и предпочитая концевые гэпы инделям в последовательностях.
  2. Следующее отличие можно видеть в позициях 80 (Muscle) и 82 (T-coffee). Muscle считает что вставка - лейцин и выравнивает положительно заряженный аргини с лизином, имеющим тот же заряд, T-coffee считает вставкой аргинин.
  3. Обратим внимание на позиции 200-211. Здесь программы снова отличаются тем, что по-разному ставят индели. T-coffee считает аргинин гомологичным ряду функционально гомологичных валинов и лейцинов, изолейцин - ряду, состоящему из серинов и треонинов. Muscle ставит индели по-другому, здесь данным колонкам будут соответствовать треонин и фенилаланин.
  4. Участок 280-284. Muscle вновь предпочитает концевые гепы, в то время как T-coffee ставит индели внутри последовательностей.

Задание 2.

Для выполнения этого задания был выбран белок Blr6230 protein из организма Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110).

Как можно видеть, он содержит домен sig_p(1-20), неописанный в Pfam (источник - Phobius), и B-лактамазу(50-242).

Металло-бета-лактамазная белковая складка представляет собой белковый домен, содержащийся в бета-лактамазах класса В и ряде других белков. Эти белки включают тиолестеразы, которые катализируют гидролиз S-D-лактоил-глутатиона с образованием глутатиона, D-молочной кислоты и белка компетентности, необходимого для естественной трансформации в Neisseria gonorrhoeae и способного быть транспортером, вовлеченным в поглощение ДНК. За исключением белка компетентности, эти белки связывают два иона цинка на молекулу в качестве кофактора. Металло-бета-лактамазы являются важными ферментами, поскольку они участвуют в распаде антибиотиков антибиотикоустойчивыми бактериями. Неясно, развивалась ли активность металло-бета-лактамазы единожды или возникала несколько раз, но если бы это было дважды, это предполагало бы структурное иссечение.[1]

Данный домен найден в составе 339 архитектур.

1. ДНК интернализационно-связанный компетентный белок ComEC/Rec2 из Pseudomonas sp. Lz4W.

Содержит 3 домена: участок sig_p, DUF4131 домен(15-164), Competence домен(194-463) и Lactamase B домен(493-681).

  1. К сожалению, DUF4131 домен относится к доменам с неизвестной функцией и сказать о нем ничего нельзя.
  2. Члены семейства Competence являются интегральными мембранными белками с 6 предсказанными трансмембранными спиралями. Было показано, что некоторые члены этого семейства имеют важное значение для бактериальной компетентности в отношении поглощения внеклеточной ДНК. Эти белки могут транспортировать ДНК через клеточную мембрану и содержат высококонсервативный мотив в аминоконцевой трансмембранной области, которая имеет два гистидина, которые могут образовывать сайт связывания металлов.

2. Ретикулоподобный белок из Brassica oleracea var. oleracea.

Содержит 7 доменов: Lactomase B(94-252), HAGH_C(красный, 253-345),3Beta_HSD(419-690), Reticulon(782-941), 2 RRM_1(фиолетовый, 994-1058 b 1219-1282) и SPOC(1543-1672).

  1. HAGH_C. Этот домен находится на С-конце ферментов гидроксилацилглютатионгидролазы. Связывание субстрата происходит на границе между этим доменом и каталитическим доменом.
  2. 3Beta_HSD. Фермент 3 бета-гидроксистероид дегидрогеназа катализирует окисление и изомеризацию предшественников стероидов 5-ен-3-гидроксипрегнена и 5-ен-гидроксиандростена в соответствующий 4-ен -кетостероидов, необходимых для образования всех классов стероидных гормонов.
  3. Reticulon. Ретикулон, также известный как нейроэндокринспецифический белок (NSP), представляет собой белок неизвестной функции, который ассоциируется с эндоплазматическим ретикулумом. Это семейство представляет С-концевой домен трех ретикулонных изоформ и их гомологов.
  4. PRM_1. Мотив RRM, вероятно, является диагностическим для РНК-связывающего белка. Структура RRM состоит из четырех нитей и двух спиралей, расположенных в альфа / бета-сэндвичах, с третьей спиралью, Существует вторая область к С-концу, которая имеет некоторые особенности, характерные для rrm, но, по-видимому, не имеет важного структурного ядра rrm.
  5. SPOC. Данный домен участвует в передаче сигналов развития.

Источники:

  1. База данных pfam

© Чашникова Анастасия, 2016