Практикум10. Анализ крупных перестроек геномов.

Мною были выбраны следующие организмы:

1. Clostridium botulinum strain CDC_53174 - CP013247.1
2. Clostridium botulinum CDC_297, complete genome - CP006907.1
3. Clostridium botulinum A2 str. Kyoto - CP001581.1

1. геномы которых представлены одной хромосомой, без плазмид
2. Хромосомы должны быть собраны полностью, набор контигов или скэффолдов не годятся
3. бактерии или археи должны быть одного вида
Clostridium — род грамположительных, облигатно анаэробных бактерий, способных продуцировать эндоспоры. Клостридии входят в состав нормофлоры желудочно-кишечного тракта, женских половых путей, иногда их обнаруживают в полости рта и на коже. Бактерии рода клостридий вырабатывают наиболее сильные из известных ядов — ботулотоксин (C. botulinum), тетаноспазмин (C. tetani), ?-токсин C. perfringens и другие.

Выравнивание Clostridium botulinum CDC_297, complete genome против Clostridium botulinum A2 str. Kyoto.



идентичность	98%
покрытие	92%

Здесь мы можем наблюдать инверсию(обведено красным), мелкие инсерции (наиболее заметная обведена фиолетовым), а также крупную транслокацию.

Выравнивание Clostridium botulinum CDC_297, complete genome против Clostridium botulinum strain CDC_53174.



идентичность	97%
покрытие	89%

Здесь мы также видим мелкие инсерции (наиболее заметные обведена фиолетовым), а также крупную транслокацию. Clostridium botulinum CDC_297 вследствие делеции утратил 12 последних нуклеотидов в гене gyrA, кодирующем ДНК гиразу, фермент, который относится к группе топоизомераз, вызывающий образование отрицательных супервитков в релаксированной кольцевой молекуле ДНК. Нклеотиды гена: 2569078..2571588, делеция (всего 24 нуклеотида, в ген попали 16, остальные 8 - в интроне)- 2571572-2571594. Еще одна делеция - 2563025..2563034 (9 кратно 3!, есть вероятность что выпали 3 аминокислоты). Ген, в который попала делеция - dnaA (хромосомный репликативный инициаторный протеин) 2562745..2564082.

Выравнивание Clostridium botulinum strain CDC_53174 против Clostridium botulinum A2 str. Kyoto.



идентичность	99%
покрытие	87%

Здесь мы также видим мелкие инсерции (наиболее заметные обведена фиолетовым), а также крупную транслокацию.

Источники: Википедия

© Чашникова Анастасия, 2016