Задание 1. Характеристика качества сборки генома Hypsibius dujardini (tardigrades).
Организм: Hypsibius dujardini (tardigrades), вид беспозвоночных животных класса настоящих тихоходок.
Космополит, экстремофил. Способен существовать в очень широком диапазоне температур: от почти абсолютного нуля до 123 °C.
Устойчив к рентгеновскому излучению и обезвоживанию. Размножается партеногенезом.
Для данного организма существует три проекта по секвенированию
(3 образца) и 3 варианта сборки генома, мною была выбрана сборка штамма Z151.
BioSample: SAMN06212344(Sample name (название образца): Hypsibius dujardini genome
sequence (геномная последовательность Тихоходки Джардини) ;
SRA: SRS1924217),
BioProject: PRJNA360553.
Самые короткие контиги (1000 нуклеотидов)- MTYJ01001421.1 и MTYJ01001421.1, самые длинный (2115976 нуклеотидов) - MTYJ01000001.1.
Задание 2. Описание ключей, используемых в таблицах особенностей.
Описание всех ключей особенностей (источник - INSDC)
Задание 3. Описание состояния дел в одном из массовых геномных проектов - B10k.
B10k (Bird 10,000 Genomes (B10K) Project) – 10000 геномов птиц.
Создателей этого проетка вдохновил APP(avian phylogenomic project), в течение которого была доказана возможность проведения крупномасштабного
секвенирования нескольких репрезентативных видов класса позвоночных. Анонс этого проекта был напечатан 3 июня 2015 в Nature.
Птицы (около 10 500 видов) составляют наиболее специфический класс наземных позвоночных животных и адаптированы к большинству наземных
и мелких водных биомов на нашей планете. Учитывая эти признаки, птицы по-прежнему широко используются в качестве моделей исследований
генетики популяции, нейробиологии, развития и сохранения животных. Кроме того, одомашненные птицы вносят существенный вклад в мировой
источник питания и экономику, как в виде яиц, мяса, орнамента и культуры. Что касается мирового здоровья, распространение вируса
птичьего гриппа, вируса Западного Нила и других зоонозных или возникающих инфекционных заболеваний привело к гибели людей.
Как вредитель в сельском хозяйстве, некоторые виды приводят к потере миллиардов долларов в год.
По состоянию на 5 июля 2017 года в B10K обрабатывается 2500 образцов представителей 2400 видов из 1370 родов, 300 семейств и 36 порядков.
Организаторы: Гуоджи Жанг, Томас Гилберт, Эрик Жарвис, Фумин Леи, Карстен Рабек, Гари Грейвс.
Ведущие институты:
- Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences (China)
- China National GeneBank, BGI–Shenzhen (China)
- Department of Biology, University of Copenhagen (Denmark)
- Natural History Museum of Denmark, University of Copenhagen (Denmark)
- National Museum of Natural History, Smithsonian Institution (USA)
- Department of Neurobiology, Duke University Medical Center (USA)
- Howard Hughes Medical Institute (USA)
- Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing (China)
- Department of Environment and Agriculture, Curtin University (Australia)
- Imperial College London (UK).
Задание 4. Характеристика митохондриальных генов одного из организмов указаного таксона(tardigrades).
Задание 7. Таблица размеров геномов.
| Вироиды |
| минимальный | типичный | максимальный |
| 120 | 270-400 (медиана - 342) | 475 |
| Avocado sunblotch viroid isolate CF60
| Dahlia latent viroid genomic RNA
| Citrus exocortis viroid isolate D-104 |
| Вирусы, бактериофаги |
| минимальный | типичный | максимальный |
| 2000-3000 | |
| | |
| Археи, бактерии |
| минимальный | типичный | максимальный |
| 1,326 | 3,500,000 | 16,040,666 |
| Lactobacillus casei subsp. casei ATCC 393 |
Legionella pneumophila subsp. fraseri strain Dallas |
Minicystis rosea strain DSM 24000 |
| Эукариоты |
| минимальный | типичный | максимальный |
| 231 | 3,000,000,000 | 229,594,237(1 хромосома) |
|
Eimeria acervulina |
|
Macaca fascicularis |
© Чашникова Анастасия, 2016
|