Учебный сайт Чашниковой Анастасии

Практикум9.

Сводная таблица

№	задание	исходные данные	команда	результат
1	Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл	AAC74885.2.fasta AAC74886.1.fasta AAC74887.1.fasta AAC74888.1.fasta AAC74889.2.fasta AAC74890.1.fasta AAC74891.2.fasta AAC74892.1.fasta AAC74893.1.fasta	Записать названия файлов в отедльный файл ls>list seqret @list.txt set.fasta	set.fasta
2	Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы	coding1.fasta	seqretsplit coding1.fasta -auto	13.fasta 14.fasta 15.fasta 16.fasta 17.fasta 18.fasta 19.fasta 20.fasta 21.fasta 22.fasta
3	Из файла с хромосомой в формате .gb вырезать три кодирующих последовательности по указанным координатам "от", "до", "ориентация" и сохранить в одном fasta файле	list.txt , chromosome.gb	seqret @list.txt ex3.fasta	ex3.fasta
4	Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода. Результат - в одном fasta файле.	ex3.fasta	transeq ex3.fasta -frame 1 -table 0 ex4.fasta	ex4.fasta
5	Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках.	coding.fasta	transeq coding.fasta cod.fasta -frame 6	cod.fasta
6	Перевести выравнивание и из fasta формате в формат .msf	alignment.fasta	seqret fasta::alignment.fasta msf::alignment.msf	alignment.msf
7	Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имя последовательности и число)	coding.fasta	infoalign alignment.msf -outfile stdout -refseq 2 -only -name -idcount > ex7.txt	ex7.txt
8	Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff	chromosome.gb	featcopy chromosome.gb -outfeat chr.gff	chr.gff
10	Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.	coding.fasta	shuffleseq coding.fasta -outseq shuffl.fasta	shuffl.fasta
13	Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях	coding.fasta	cusp coding.fasta ex11	ex11
20	Файл с ридами sra_data.fastq в формате fastq перевести в формат fasta	sra_data.fastq	seqret sra_data.fastq fasta::sra_data.fasta	sra_data.fasta