Практикум 11.

Получение информации о КОГе. В качестве белка была взята B3 металло-бета-лактамаза из Braghyrhizobium sp. Бета-лактамазы - группа бактериальных ферментов, направленных на борьбу с бета-лактамными анибиотиками(пенициллины, цефаллоспорины и др.). Один из путей развития резистентности - изменение структуры пенициллинсвязывающих белков. Были найдены специфичные хиты: Лактамаза b(smart00849, pfam00753) и GloB(COG0491). Среди неспецифичных хитов также были обнаржены COG0426, COG1237, COG1236, COG2333. Для СOG0491 e-value - 1.63e-23, обнаруживается с 52 по 254 остаток. COG0491 - глиоксилаза или связанная с ней металлозависимая гидролаза, надсемейство бета-лактамазы 2, относится к функциональной категории R. Визуализация геномного окружения. Рисунок 1. Геномное окружение COG0491. Фиолетовым обозначен COG0491. Использовала следующие параметры: Neighbourhood size = 9 (число генов, показанных в геномном окружении, учитывая заданный КОГ), Occurence threshold =20%(окрашивание cogов, процент которых больше 20), Таксономия НЕТ. Ярковыраженного консервативного геномного окружения нет, т.к. иначе консервативные коги были бы окрашены. Снизив параметры Occurence Treshold до 7% и приняв Neighbourhood size = 11, удалось найти COG0583 в близком окружении для нескольких белков. COG0583 - ДНК-связывающий транскрипционный регулятор, относится к LysR семье. Чаще всего встречается у протеобактерий. Рисунок 2. Геномное окружение COG0491. Отнесение белка B3 metallo-beta-lactamase из Bradyrhizobium sp. к терминам GO. В базе данных Amigo была найдена metallo-beta-lactamase из Gobacter sulfhurreducns PCA, e-value 7.9e-09, identities 50/194(25%), positives(92/194(47%)). У белков совпадают названия и скорее всего функции, однако степень идентичности очень низкая. аспект идентификатор GO название термина перевод код типа достоверности Молекулярная функция GO:0008152 metabolic process метаболический процесс ISS Молекулярная функция GO:0003824 catalytic activity каталитическая активность ISS Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с id Q74E41(Uniprot). код типа достоверности расшифровка кода объяснение ISS Inferred from Sequences or structural Similarity Использется всякий раз, когда основанный на последовательности анализ формирет основу для аннотации. Также аннотация должна быть просмотрена вручную (иначе IEA). ISO(для примера а то слишком мало) Inferred from Sequence Orthology это тип ISS, но включает филогенетический анализ, функциональную комплементарность, субстрат специфичность, сходство в сбклеточной организации и др. IBA Inferred from Biological aspect of Ancestor Тип доказательств, что аспект потомка выведен из характеристики гена предка Таблица 2.описание кода достоверности. Были проанализированы данные из базы GO, являющейся графом GO terms. Использовала BLAST, показан наилучший белок, который был найден.