Практикум 12.
База данных OPM.
Рисунок 1.Макролидная Экспортная пермеаза MacB.
| параметр | значение |
| толщина гидрофобной части белка в мембране | 31.0+-0.6 А |
| координаты трансмембранных спиралей | 1(265-288), 2(522-543), 3(569-594), 4(607-628). 2 субъединицы расположены симметрично в мембране и номера их остатков совпадают. |
| среднее количество остатков в 1 трансмембранной спирали(одном бета-тяже) белка | 22,5 |
| локализация | Внутренняя мембрана грам-отрицательных бактери |
Рисунок 2. Бактериальный нуклеозидный транспортер Ts.
| параметр | значение |
| толщина гидрофобной части белка в мембране | 23,4+-1.5А |
| координаты трансмембранных спиралей | 1(13-22), 2(34-44), 3(48-57) 4(77-85), 5(101-110), 6(122-132), 7(137-146), 8(163-173), 9(181-189), 10(215-224), 11(227-235), 12(262-272) |
| среднее количество остатков в 1 трансмембранной спирали(одном бета-тяже) белка | 10,17 |
| локализация | внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий |
Анализ предсказания трансмембранных спиралей.
Локализация белка, предсказанная программой TMHMM. На графике красная- трансмембранная, синяя - цитоплазматическая, розовая - внешняя.(ось х - аминокислоты). Сверху - лучшая последовательность.
| |
Локализация белка, предсказанная программой Phobius. Y - вероятность локализации участка белка со стороны цитоплазмы (зеленым), с внешней стороны (синим), внутри мембраны (серым) или сигнальный пептид (красным). По оси X - аминокислотные остатки. Трансмембранные спирали предсказаны в области 270-290 и три спирали в с 510 -600, что совпадает с известной структурой 1(265-288), 2(522-543), 3(569-594), 4(607-628). Также большая часть пептида имеет не цитоплазматическую локализацию, как и было предсказано. Предсказания TMHMM и Phobias практически полностью совпали.
База данных TCDB.
Для бактериального нуклеозидного транспортера Ts, был найден TCID: 1.B.10.1.1 1.B.10 - нуклеозидспецифичные канал-формирующие внешнемембранные порины (Tsx) белки(семейство). 1. -каналы/поры(класс), B. - порины, образованные бета-тяжами(подкласс). Для пермеазы были проверены pdb: 5ji7, 5ji6, 5lil, однако белок в базе данных TCDB найден не был.