Главная Oбо мне Семестры Контактная информация

Практикум 5.

Сигналы, мотивы, PWN.

С помощью программы MEME искала сайт связывания транскрипционного фактора, регулирующего синтез пуринов у бактерии Pasteurella multocida(MEME: PASMU), strainPm70. Аннотированных записей нашлось 12.

EntryEntry nameProtein nameGene namecoordinatesupstream
Q9CLZ5PURT_PASMUformate-depndent phosphoribosylglycinamide phormyltransferasePM1053complement(1242122..1243303)>complement(1243502..1243503)
Q9CLW4PUR4_PASMUphosphoribosylformilglycinamidine synthase PM09381107132..1108430.1108431...1108530
P57889PURA_PASMUadenylosuccinate synthasePM0295complement(337563..339026)complement(339027..339126)
Q9L6B7IMDH_PASMUinosine-5'-monophosphate dehydrogenasePM0701complement(817002..818516)complement(818517..818616)
Q9L6B8PUR1_PASMU amidophosphoribosyltranspherasePM19332171066..21719202171921...2172020
Q9CJR1FOLD_PASMUbifunctional protein FolDPM1085complement(1278224..1282117)complement(1282118..1282217)
P57828PUR2_PASMU phosphoribosylamine-glycine ligasePM0222246443..248044248045..248144
Q9CN88GUAA_PASMUGMP synthasePM0547complement(631172..632176)complement(632177..632276)

Таблица 1. Отобранные белки.

Полный геном скачала с ENA, AC - AE004439.1. Записала в 1 файл все upstream регионы с помощью скрипта. Запустила на кодомо программу MEME, так что поиск производился на обеих цепях ДНК и программа выдавала 3 различных мотива (команда ememe upstream.fasta meme -nmotifs 3 -revcomp). Результаты приведены здесь.