Практикум 6.
PSI-BLAST.
Был взят белок с ID B2V8CO.1 - предположительно сайт-определяющий белок MinC. Данный белок является ингибитором деления клеток и блокирует образование полярных Z-септумов, дестабилизирует фибриллы FtsZ, являющиеся предшественниками полярных Z-колец. Предотвращает полимеризацию FtsZ. Организм - sulfurihydrogenibium sp. (strain YO3AOP1).
| номер итерации | число находок выше порога(0,005) | идентификатор худшей находки | E-value | идентификатор лучшей находки ниже порога | >E-value |
| 1 | 49 | Q88M41.2 | 0.004 | Q4USO7.1 | 0.006 |
| 2 | 53 | Q9ZM51.1 | 6e-07 | A7H8E6.1 | 0.036 |
| 3 | 54 | Q9ZM51.1 | 2e-11 | A7H8E6.1 | 0.025 |
| 4 | 68 | Q9ZM51.1 | 1e-12 | A7H8E6.1 | 0.014 |
| 5 | 87 | Q9ZM51.1 | 3e-13 | A7H8E6.1 | 0.009 |
| 6 | 93 | Q9ZM51.1 | 2e-13 | B5FFP4.1 | 0.008 |
В последней итерации E-value лучшей и худшей находки отличаются на 12 порядков, следовательно семейство достоверное.
PROSITE.
Бактерии были взяты из практикума 2, выравнивание по белку АТФ-зависимой Clp эндопептидазы. Является димерным белком, который состоит из протеолитической субъединицы (гена clpP) и любой из двух связанных АТФ-связывающих регуляторных субъединиц (гены clpA и clpX). ClpP-это сериновая протеаза, которая обладает химотрипсиноподобной активностью.
Выявлены паттерны для сайтов связывания серина и гистидина. Для серина:
T-x(2)-[LIVMF]-G-x-A-[SAC]-S-[MSA]-[PAG]-[STA]
Рисунок 1. Паттерн сайта связывания серина, найденный в выравнивании(позиции 113-124).
Исправленный более строгий паттерн: T-[LI]-[CV]-[IM]-G-[MQ]-A-[AC]-S-M-G-[SA]-[FL]-L-L
Поиск в Uniprot по mnemonic:clpp_*taxonomy:proteobacteria:322 находки. Находок в ScanProsite по паттерну 178.
В обоих списках (true positive) - 175.
Только в правильном списке (true negative) - 147, только в предпологаемом (false positive) - 3.
Многие белки не были найдены, при этом число неверных находок относительно невысокое. Уточнение по паттерну снижает количество находок, но зато находки хорошие.