Отчёт

I.Мной было построено биологически обоснованное выравнивание двух предложенных фрагментов последовательностей, в результате чего были получены следующие данные:

1)суммарная длина биологически обоснованных участков выравнивания: 29                       
b)процент от общего числа позиций выравнивания: 60.4%                                            
2)число совпадающих остатков на биологически обоснованных                                        
участках выравнивания: 5                                                                         
3)процент совпадающих остатков на биологически обоснованных                                      
участках выравнивания: 10.4%                                                                     
4)число функционально сходных остатков на биологически                                           
обоснованных участках выравнивания: 14                                                           
5)процент функционально сходных остатков на биологически                                         
обоснованных участках выравнивания: 29.1% 

При сравнении двух вариантов выравниваний: полного парного и биологически обоснованного выравнивания было обнаружено, что они значительно отличаются друг от друга.

Основные этапы работы:

1.Полное парное выравнивание: Выравнивание двух фрагментов последовательностей(283-330:A и 281-332:D) было построено в Putty при помощи алгоритма Нидельмана - Вунша посредством введениия следующих команд:

seqret porins_6.fasta:A[283:330] region_1.fasta                                             
seqret porins_6.fasta:D[281:332] region_2.fasta                                                  
needle region_1.fasta region_2.fasta Chernioglo_auto.msf -aformat msf

Полученное выравнивание сохранено в файле Chernioglo_auto.msf

2.Построено биологически обоснованное выравнивание тех же двух фрагментов последовательностей. Результат сохранён в файле Chernioglo_bio.msf.

Выравнивание получено вручную при помощи программы GenDoc. В ходе выравнивания были сопоставлены следующие пары аминокислотных остатков, чьи C-&alpha атомы расположены в пространстве близко друг относительно друга:

Chain A Chain D TYR 292 ASN 281 PHE 293 LEU 282 ASN 294 SER 283 LYS 295 LYS 284 ASN 296 ARG 285 MET 297 THR 286 SER 298 ALA 287 ALA 299 LEU 288 PHE 300 TYR 289 VAL 301 GLY 290 ASP 302 ASN 291 TYR 303 LEU 292 LYS 304 ALA 293 ILE 305 PHE 294 ASN 306 LEU 295 LEU 308 ASN 297 ASP 319 GLN 321 ILE 321 GLY 323 VAL 322 VAL 324 ALA 323 GLN 325 VAL 324 VAL 326 GLY 325 GLY 327 MET 326 THR 328 THR 327 ARG 329 TYR 328 HIS 330 GLN 329 ALA 331 PHE 330 PHE 332

В результате этих действий и были получены приведённые выше данные. Второй семестр

---

©Черниогло Елена