Работа в командной строке Linux. Программы выравнивания последовательностей пакета EMBOSS

Обязательные задания:

1.Посредством программы "Putty" я зашла на машину kodomo-count.cmm.msu.ru. В результате выполнения команды "ls" на экран была выведена информация о текущей директории:

Documents and Settings  Profile  Term2        public_html
PUTTY.RND               Term1    pdb1aof.ent  winscp.RND

При вводе "ls .." был осуществлён выход из указанной поддиректории в родительскую директорию, где имелся список содержащихся там поддиректорий:

aelita       entian          krasniimak89  molotok     step_vita           
alisikfox90  franzlutzov     lesiad        nrar        svetra             
asya17_0456  jane_tikhonova  lile4ka       pashtetbor  terekhanova         
bennigsen    jene4ka_13      loontic       plazmoliz   ushaloxstii314      
cherry1989   jimsonweed89    lupus         robo_tema                       
da_shal      kiraly          manyashka     scorper                         
desislava    kolesnikova     mashunia      silwer 

Выполнением команды "cd .." был произведён выход из указанной выше директории, что в командном окне отобразилось в виде

/home/students/y07$

Если же за этим выполнить команду "ls", то в окне будет отображено содержимое текущей директории:

aelita       entian          krasniimak89  molotok     step_vita
alisikfox90  franzlutzov     lesiad        nrar        svetra
asya17_0456  jane_tikhonova  lile4ka       pashtetbor  terekhanova 
bennigsen    jene4ka_13      loontic       plazmoliz   ushaloxstii314 
cherry1989   jimsonweed89    lupus         robo_tema 
da_shal      kiraly          manyashka     scorper
desislava    kolesnikova     mashunia      silwer

При повторении пары команд "cd .." и "ls", были осуществлены последовательные переходы в вышестоящие директории с показом их содержимого:

1.other  school  y02  y03  y04  y05  y06  y07

2.admin  export  genome  hdb1  old-pvm  preps  students

3.bin   cdrom  etc   initrd  media  no-backup  opt   root  srv  tmp  var 

  boot  dev    home  lib     mnt    nohome     proc  sbin  sys  usr

После вывода последней записи при дальнейшем вводе тех же команд новая информация в окне не отображалась, из чего можно сделать вывод, что данная директория является директорией самого высокого уровня.

Выполнение команды "cd" привело в возвращению в исходную домашнюю директорию.

После ввода "pwd", на экран было выведено её полное имя:

/home/students/y07/cherry1989

Мной была приведена в активное состояние директория Practice5. При просмотре её содержимого при помощи команды "ls" был найден файл Protocol5.

2.Имея в качестве активной директории Practice5, мной была выполнена следующая команда:

seqret sw:p0A873 -auto

При последующем вводе "ls" в директории появился новый файл trmd_ecoli.fasta

В результате выполнения "more trmd_ecoli.fasta" в окне появилось содержимое указанного файла (название белка и его последованельность):

>TRMD_ECOLI P0A873 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.31) 
(M1G- methyltransferase) (tRNA [GM37] methyltransferase). 
MWIGIISLFPEMFRAITDYGVTGRAVKNGLLSIQSWSPRDFTHDRHRTVDDRPYGGGPGM 
LMMVQPLRDAIHAAKAAAGEGAKVIYLSPQGRKLDQAGVSELATNQKLILVCGRYEGIDE
RVIQTEIDEEWSIGDYVLSGGELPAMTLIDSVSRFIPGVLGHEASATEDSFAEGLLDCPH 
YTRPEVLEGMEVPPVLLSGNHAEIRRWRLKQSLGRTWLRRPELLENLALTEEQARLLAEF 
KTEHAQQQHKHDGMA

Была выполнена команда entret sw:p0A873 -auto.

После ввода команды "ls" в окне появился список файлов, содержащихся в директории Practice5, среди которых оказался новый файл trmd_ecoli.entret

В результате выполнения команды "more p0A873", в окне Putty появилась часть содержимого данного файла. Новый файл, являясь записью из банка Swiss-Prot, содержит информацию о последовательности белка.

3.Некоторые способы облегчения работы в командной строке

• При нажатии ↑ и ↓ осуществляется пролистывание введённых ранее команд. (Очень полезная вещь. Жаль, что я не сразу об этом не узнала)

• В результате выполнения команды "history" в окне появился список команд, введённых мной в командную строку Putty как в ходе последнего, так и в течении предыдущих сеансов.

• В директории Term2 мной был выбран файл Results_Block1.xls. В результате выполнения команды "more R" и последующего нажатия клавиши , в командной строке появилось полное название файла.

4.Программа полного парного выравнивания needle

Была выполнения команда

needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta ecolihaedu.needlec -auto

В результате этого в директории Practice5 появился файл ecolihaedu.needle

При помощи команды more ecolihaedu.needle был осуществлён просмотр его содержимого, коим оказалось полное парное выравнивание (алгоритм Нидельмана - Вунша) белков TRMD_ECOLI и TRMD_HAEDU.

Задание штрафов за гэпы

Была выполнения команда

needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta elihadu.needle

Мной были установлены следующие размеры штрафов:

Gap_penalty: 20.0
Extend_penalty: 1.0

При изменении параметров изменилось и выданное программой выравнивание, что отразилось и в изменении процентов сходства и идентичности.

При стандартных штрафах за гэпы (gap penalty=10; extend penalty=0.5) были получены следующие данные:

 Identity:     191/259 (73.7%)     
 Similarity:   219/259 (84.6%)     
 Score: 1012.5

При изменённых штрафах (gap penalty=20; extend penalty=1):

Identity:     188/259 (72.6%)      
Similarity:   217/259 (83.8%)      
Score: 998.0 

GeneDoc Мной в командное окно Putty была введена команда

needle trmd_ecoli.fasta trmd_haedu.fasta ecolihaedu.msf -aformat msf

В результате этого в директории Practice5 появился файл ecolihaedu.msf