Множественное выравнивание

1.С помощью программы blastP на сервере NCBI были найдены в SwissProt гомологи белка TRMD_ECOLI, сохранённые в 
следующих файлах:
1)Совпадающие на 60-70% в файле sequences1.fasta
2)Совпадающие на 50-60% в файле sequences2.fasta
3)Совпадающие на 35-45% в файле sequences3.fasta
Все выбранные последовательности(10 штук)вместе с последовательностью белка TRMD_ECOLI были сохранены в 
файле all.fasta

2.Мной было построено множественное выравнивание выбранных последовательностей с помощью программы emma 
и программы muscle. Результаты сохранены в следующих файлах:  

1)Выравнивание с помощью программы emma: Emma.fasta

2)Выравнивание с помощью программы muscle: Muscle.fasta

В результате сравнения множественных выравнивания, полученных с помощью вышеуказанных программ было обнаружено, 
что в случае использования алгоритма ClustalW в основном имеется лишь 3 протяжённые участки гэпов, а при использовании 
MUSCLE - 4. Других значительных отличий между полученными выравниваниями не было найдено.

3.Выравнивание, полученное с помощью emma, было импортировано в Genedoc.
Красным цветом мной были выделены колонки, консервативные на 100%, темно-голубым - на 70%. Результат сохранён в файле Gene1.msf
Консервативными на 100% являются 73 колонки
Консевативные на 70% - 56 колонок
В полученном выравнивании имеется 3 выраженных консервативных фрагмента:
1)67-74 а.о.
2)154-166 а.о.
3)193-202 а.о.
Была получена матрица попарной идентичности последовательностей, сохранённая в файле Matrix.txt 

4.Выравнивание, полученное с помощью muscle, было импортировано на ту же страницу Genedoc, где расположено раскрашенное выравнивание emma.
Раскрашенное объединение выравниваний сохранено в файле emmamuscle.htm 

5.По рассмотрении матрицы попарной идентичности, мной были выбраны две наименее похожие последовательности: 
TRMD_FRATN и TRMD_METFK (процент сходства - 44%). 
Их последовательности были скопированы в файлы OTRMD_FRATN.fasta и OTRMD_METFK.fasta соответственно. 
С помощью программы needle было получено оптимальное попарное выравнивание, сохранённое в файле ONEEDLE.fasta.
Было осуществлено сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей TRMD_FRATN и TRMD_METFK с 
их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием. 
Раскрашенное объединение 3-х выравниваний сохранено в файле 3needle.htm
В результате сравнения данных 3-х выравниваний было установлено, что 
выравнивания, полученные с помощью needle и muscle очень похожи, и участки, 
консервативные на 100% в них совпадают всегда, в то время как выравнивание, 
полученное с помощью emma, иногда отличается 
от них порядком расположения гэпов и тем, что участки, консервативные на 100% и совпадающие для выравниваний 
в muscle и emma в некоторых случаях не являются консервативными в выравнивании, полученном с помощью emma.

6.Программе infoalign на вход было подан файл Emma.fasta, содержащий в себе выравнивание, полученное с помощью emma. 
В результате программой в виде таблицы была выдана информация об этом множественном выравнивании, сохранённая
в файле emma.infoalign.
Программа осуществляет сравнение поданных ей последовательностей с последовательностью-консенсусом, в результате 
чего программа выдаёт следующую информацию:
1)Название последовательностей (ID)
2)Длина последовательностей
3)Число гэпов
4)Длина гэпов
5)Число аминокислотных остатков, совпадающих с остатками последовательности консенсуса.
6)Процент сходства последовательностей с последовательностью-консенсусом
7)Число не совпадающих остатков
8)Процент изменения
9)Вес