Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

  1. Поиск нужного термина в словарях GO

    2. Осуществлён поиск заданного описания локализации белка - клеточные соединения.На сайте GO был осуществлён поиск наиболее подходящего термина GO.  
В результате был выбран термин GO cell junction с идентификатором GO:0030054.
Название онтологии GO - cellular component, т. е. клеточный компонент.
GO было предложено следующее определение термина cellular component:
Часть плазматической мембраны, которая формирует специализированный участок контакта между двумя клетками, или между 
клеткой и внеклеточным матриксом. В клеточном соединении якорные белки тянутся через плазматическую мембрану, чтобы
соединить белки цитоскелета одной клетки с таковыми из соседних клеток, или с белками внеклеточного матрикса.

  2. Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

    3. Была получена полная запись банка Swiss-Prot, описывающая последовательность белка человека SPCS_HUMAN(AC Q9HD40). В поле DR были найдены и проанализированы строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По полученным данным было составлено описание функции заданного белка, представленное ниже в таблице:

      Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где?
    Cellular component
    2
    		 В цитоплазме и ядре
    Зачем, для чего?
    Function
    4
    		 Связывание белка, селена, тРНК; селенотрансферазая активность
    Молекулярный механизм?
    Process
    1
    		 Объединение селена и цистеина
    Специфичность?
    Process
    1
    		 Происходит связывание исключительно селена и цистеина

  3. Создание больших выборок белков с определенными функциями
    (поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

    4. Протеом Bos taurus. Результаты поиска в UniProtKB/Swiss-Prot, 16.04.2009 г.

      Количество записей Запрос
    Всего из данного организма 5646Organism Name - Bos taurus 
    (([swissprot-Organism:Bos*] &  [swissprot-Organism:taurus*]) |  [swissprot-Organism:Bos taurus*])
    С идентификаторами всех трёх онтологий GO 2520 Organism Name - Bos taurus
    Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:
    ((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent ))
    В том числе в клеточных соединениях 51 Organism Name - Bos taurus
    Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:
    Links:DBxref - GO:0030054
    (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) 52 Organism Name - Bos taurus
    Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS:
    Links:DBxref - GO:0030054
    (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & ((((((([swissprot-DBxref:GO:*] & [swissprot-DBxref:P:*]) & [swissprot-DBxref:F:*]) & [swissprot-DBxref:C:*]) | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) 79 Organism Name - Bos taurus
    Links:DBxref - GO:|EXP:|IDA:|TAS:
    Links:DBxref - GO:0030054
    (((([swissprot-Organism:Bos*] & [swissprot-Organism:taurus*]) | [swissprot-Organism:Bos taurus*]) & (((([swissprot-DBxref:GO:*] | [swissprot-DBxref:EXP:*]) | [swissprot-DBxref:IDA:*]) | [swissprot-DBxref:TAS:*]) > parent )) & ([swissprot-DBxref:GO:0030054*] > parent ))

    По данным вышеприведённой таблицы можно сделать вывод об очень хорошей аннотированости в UniProtKB/Swiss-Prot функций белков клеточных соединений из
    Bos taurus, так как для всех 51 найденных белков в клеточных соединениях Bos taurus находятся белки только с самыми хорошими доказательствами функции (коды
    только EXP, IDA или TAS).

Четвёртый семестр

©Черниогло Елена