Метаболические пути. KEGG
Цель задания: определить, существует ли заданный участок метаболического пути, необходимый для превр ащения субстрата в продукт.

  1. Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

    2. На странице оглавления KEGG была найдите ссылка на базу данных химических соединений (KEGG LIGAND). Был проведён поиск по названиям веществ
    (гомосерин и глицин):

     
    Название
    		 Идентификатор для вещества Структурные формулы веществ
    Субстрат Гомосерин(L-Homoserine; 2-Amino-4-hydroxybutyric acid)
    C00263
    Продукт Глицин(Glycine; Aminoacetic acid; Gly)
    C00037

  2. Поиск метаболического пути

    3. На странице оглавления KEGG по ссылке для раскрашивания объектов на метаболических картах (Color objects in pathways) в поле запроса вводим текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов:
    C00263 red,
    C00037 green,
    2.7.1.39 yellow,
    4.2.3.1 yellow,
    4.1.2.5 yellow
    Название карты пути: ko00260 Glycine, serine and threonine metabolism

  3. Описание последовательности реакций.

    4. Таблица 1. Возможный путь превращения гомосерина в глицин по данным метаболической карты "Метаболизм глицина, серина и треонина".

    Этап Ферментативная реакция EC number R number
      1 ATP + L-homoserine = ADP + O-phospho-L-homoserine 2.7.1.39 R01771
      2 O-phospho-L-homoserine + H2O = L-threonine + phosphate 4.2.3.1 R01466
      3 L-threonine = glycine + acetaldehyde 4.1.2.5 R00751

  4. Исследование метаболического пути в других организмах

    5. Таблица 2. Возможность пути превращения гомосерина в глицин в различных организмах с известными полными геномами.

    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli
    Да
    		 Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Haemophilus influenzae Rd KW20
    Да
    		 Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Methanococcus janaschii
    Да
    		 Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Arabidopsis thaliana
    Да
    		 Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
    Homo sapiens
    Да
    		 Присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций

Четвёртый семестр

Черниогло Елена