Создание выборки белков с одинаковыми функциями
Задача - создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и транспортёр Fe(III), белок FecA из Escherichia coli K-12.
Часть1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-prot, release: дата создания 1 марта 1990, дата последнего обновления 15 марта 2004.
Часть2. Описание процедуры составления выборки.
В качестве поисковой системы использовалась система SRS;
Поиск велся по следующим параметрам:
В поле DESCRIPTION вносился вариант названия белка: fecA
В поле SPECIES - названия организмов, среди которых ведется поиск: Escherichia coli|Pseudomonas syringae|Photorhabdus luminescens
или же в поле TAXONOMY - группы рассматриваемых организмов (грамм-положительные бактерии; все бактерии, кроме грамм-положительных и гамма-протео-бактерий; археи; эукариоты).
Поиск велся по банку данных UniProt, найденные записи просматривались в формате SwissProt.
У вышеперечисленных организмов обнаружено 3 белка с идинтификационными номерами P13036,Q887S9,Q7MZ55
Все они были использованы в дальнейшем для выравнивания.
В других предложенных таксонах белков с таким описанием обнаружено не было.
Часть3. Описание выборки
