Описание найденной записи:
| * - отмечены часто встречающиеся в белках мотивы, ** - отмечены паттерны мотива, для которого в PROSITE есть еще и профиль (таковых нет). |
Поиск мотивов в последовательности LpxA E.coli с помощью средств PROSITE
Работа с прoграммой: Internet Explorer
|
В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов (раннее в базе данных использовались только они) и профилей-PSSM (теперь это основная форма описания). |
|
С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 11 известных мотивов в последовательности FecA_Ecoli. |
|
Описание найденной записи:
|
|
Выбранный паттерн: [LYGSTANEQ]-x(3)-[GSTAENQ]-x-[PGE]-R-x-[LIVFYWA]-x-[LIVMFTA]-[STAGNQ]-[LIVMFYGTA]-x-[LIVMFYWGTADQ]-x-F. . |
|
Мотив FecA, соответствующий найденному паттерну: G-iya-G-q-P-R-t-L-y-M-Q-G-sLk-F. . |
|
Случайная последовательность , также идеально подходящая к этому паттерну: L-tya-T-g-E-R-s-V-A-I-i-W-q-F. |