Учебный сайт Николаевой Дарьи

Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Задание 1.
В молекуле белка аспартатаминотрансферазы Thermus thermophilus присутствует одно "большое" гидрофобное ядро, состоящее из 2963 атомов. Процентное отношение числа атомов гидрофобного ядра (2963 атомов) по отношению к числу всех атомов белка (11776 атомов) составляет 21,16%. Выводы были сделаны с использованием алгоритма CLuD.
Задание 2.
а. Минимальное расстояние, на котором могут быть расположены атомы белка, которые полностью покрывают поверхность (такое, при котором молекула остатка практически не видна), составляет 4 ангстрем.
b. Характерное расстояние между атомами белка можно оценить в 5-6 ангстрем, так как именно в пределах данного расстояния находятся атомы, полностью закрывающие молекулу аминокислотного остатка.
с. Вероятно, какие-то небольшие неполярные атомы могут располагаться между атомами в третичной структуре белка. Что касается молекулы воды, ее ван-дер-ваальсов радиус составляет 1.4 ангстрем, следовательно, диаметр молекулы воды - 2.8 ангстрем. При этом расстояние между центрами атомов было определено в 5-6 ангстрем, а в этом промежутке еще должны помещаться радиусы атомов белка. Все вышесказанное делает помещение молекулы воды между атомами белка практически невозможным, особенно если принять во внимание полярность молекулы воды.
Задание 3.
Изображение ДНК-связывающих доменов белка YvoA (впоследствии называющийся NigR) в комплексе с палиндромным оператором ДНК было получено с помощью программы Jmol. На изображении можно наблюдать, что в области связывания с ДНК белок представлен альфа-спиралью и бета-тяжем, большинство остатков полярные, из них, в свою очередь, большинство заряжены. Данный белок является членом обширной GntR / HutC семьи регуляторов транскрипции и сам является репрессором транскрипции НТН-типа, принимая участие в поглощении и метаболизме N-ацетилглюкозамина у сенной палочки.
Вообще, белки могут связываться с ДНК по разным причинам. Во-первых, это гистоны - белки, участвующие в упаковке ДНК внутри ядра. Во-вторых, белки, участвующие в транскрипции (включая огромное количество факторов транскрипции), репарации, репликации и других процессах.