Учебный сайт Николаевой Дарьи

Поиск в базах данных

1. Определить код референсного протеома бактерии Brucella abortus (Ответ: UP000002719).
   
2. Найти белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus (Ответ: 14).
   
3. Найти белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein) (Ответ: 13).
   
4. Найти белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus (ответ: 29)
   
   Proteomes
   
   
5. Найти статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans"
   (Ответ: запрос: (Blumenthal[Author]) AND (trans-splicing[Title] AND operons[Title] AND C.elegans[Title]); число находок 3; PMID: 23175478).
   
6. Получить список публикаций, в которых цитируется данная работа (Ответ: Ссылка на файл со списком публикаций).
   
   PDB
   
   
7. Получить список структур бактериальных белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system). (Ответ: запрос (TaxonomyTree Search for Bacteria (eubacteria) and Chain Type: there is a Protein chain but not any DNA or RNA or Hybrid and StructTitleQuery: struct.title.comparator=contains struct.title.value=type IV secretion system); Excel таблица со списком информации о структурах)