In [1]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]
In [2]:
import pymol
pymol.finish_launching()
from pymol import cmd,stored
In [3]:
cmd.bg_color("white")

Загружаем молекулу, отображаем остов линиями.

In [4]:
cmd.do('''
fetch 1cll, async=0
as lines, n. C+O+N+CA
zoom i. 4+5
mset 1 x1000
mview store''')

Создаем фреймы - кадры будущего фильма.

In [5]:
for i in range(100):
    cmd.frame((10*i)+1)
    cmd.zoom( 'n. CA and i. %d+%d' % (i,i+7))
    cmd.mview('store')
In [6]:
v = cmd.get_view()
cmd.set_view(v)
In [7]:
stored.r = [] 
cmd.iterate('1cll and n. CA','stored.r.append(int(resi))')
Out[7]:
152

Раскрасим молекулу по градиенту от небесно-голубого до цвета грозового неба и покажем ленточной моделью.

In [8]:
import numpy as np
length = len(stored.r)
colors = np.linspace(1,0, length)
for k,i in enumerate(stored.r):
    cmd.set_color('col%d' %k, [0, 150*colors[k], 255*colors[k]])
    print [1,1,colors[k]]
    cmd.set('cartoon_color','col%d' % k ,'resi %d' % i)
cmd.show_as('cartoon','all')

Зафиттим молекулу в размеры экрана и сделаем картинку.

In [9]:
cmd.zoom()
In [10]:
cmd.png(filename='view_1.png',width='10cm',dpi=300,ray=1)

Рис. 1. Внешний вид молекулы кальмодулина (PDB ID: 1CLL).

Создаем видео:

In [1]:
import io
import base64
from IPython.display import HTML
In [2]:
video = io.open('movie1.mp4', 'r+b').read()
encoded = base64.b64encode(video)
HTML(data='''<video alt="test" controls>
                <source src="data:video/mp4;base64,{0}" type="video/mp4" />
             </video>'''.format(encoded.decode('ascii')))
Out[2]: