На главную страницу первого семестра 3D

Описание пространственной структуры AMPA_ECOLI по данным банка PDB, код 1gyt.

Краткая характеристика структуры белка.
    Полипептидные цепи 
Остатки
от-до: цепь	Название субъединицы белка
1-503:A AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:B	AMPA_ECOLI, бета-цепь 
1-503:C	AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:D	AMPA_ECOLI, бета-цепь
1-503:E	AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:F	AMPA_ECOLI, бета-цепь
1-503:G	AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:H	AMPA_ECOLI, бета-цепь
1-503:I	AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:J	AMPA_ECOLI, бета-цепь
1-503:K	AMPA_ECOLI, альфа-цепь
1-503:L	AMPA_ECOLI, бета-цепь
                                        Гетеромолекулы и гетерогруппы 
ID	Название	Формула	Число копий	Комментарии
*.Zn	Атом цинка	Zn	24	Каждые 4 атома связываются с 1 аспарагиновой к-той
*.Cl	Атом хлора	Cl	4	По 2 в каждой из симметричных субъединиц
CO3	Карбонат ион	CO32-	12	По 6 в каждой из симметричных субъединиц
HOH	Вода	H2O
	1240	
Asp293,
Asp352	Аспарагиновая    кислота	C4H7O4N	6	Связывает атомы Zn
На данном рисунке можно увидеть пространственную структура белка AMPA_ECOLI. Красные цепи - альфа-цепи, зеленые - бета-цепи.
Лиганды:

Черные молекулы - СО3

Розоваые атомы - Cl

Желтые атомы - Zn

Синие молекулы - H2O

  • Скрипт, позваляющий в программе Rasmol изобразить связь между цепью А и двумя ионами Zn
    set fontstroke 2
set fontsize 18
select Asp293:A.CA
label AA1
set fontstroke 2
set fontsize 18
select Asp352:A.CA
label AA1
set fontstroke 2
set fontsize 18
select Lys270:A.CA
label AA2
set fontstroke 2
set fontsize 18
select ASP293:A
wireframe 20
colour blue
select Asp352:A
wireframe 20
colour blue
select Lys270:A
wireframe 20
colour blue

    • ©Попенко Анна