Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом " эталонного" выравнивания из SMART>

Фрагмент выравнивания из SMART

                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                        
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   R Q T L T L R G L G D - - W D R V V V V G L G - - - - - - - A S A A D P Q W S G A V V G R A L V N D S A P V T V L   :   4 8
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   G E S L L L Y T E E - - - - G P V L L F G R G E D D R - - - - - - - - - - E S G G R L A Q A L Q R L A F P E A L V   :   4 3
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   G R V L V L P G R D G A I A G - - A L F G T G E A P E - - - - - N G Q P Q L I A G K L A R N L P E - - - - - - - -   :   4 2
A M P A _ S Y N E L   :   G T S L L M R L L P N F P L K K L L L V G L G N R E D - - - F N L E A L R R T A A T I A R T A R R E R A K T L G M   :   5 4
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   G E A Y V L L E G N G E V - - - T V F V G I G N V E E D I L L V K N N A R K A G A S A Y K C V S Q F K N M E M S L   :   5 4
                          g     l   6                             G   G                                                                              
                                                                                                                 
                            6 0                   *                 8 0                   *                      
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   T G G - - - - - - - - - L P A E T V A A F A T G M G I G H Y R S D L Y Q A G R   :   7 8
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   E P L - - - - - - - - - - - - E D A Y A L A E G L L L G A Y R F D R L K T K R   :   7 0
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   - - - G D W H I E G K P - - - G D A G L A A L A F L M G G Y S F T R Y R K A N   :   7 5
A M P A _ S Y N E L   :   A L P - - H E T L E A A - - - D A A Q A I A E G V I L A L H S D V R F K T D P   :   8 8
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   T S E - - - - - - - - - - - - Y M A R E V V S G I M L A S Y K Y - R F L H K E   :   8 0
                                                            a       a   g     6     y       r                    

Выравнивание, полученное с помощью программы ClustalW

                                                                                                                                                                                                           
                                      *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                        
A M P A _ S Y N E L   :   L H P G D I L T A S N G K T I E V N N T D A E G R L T L A D A L V Y A E K L G - V D A I V D L A T L T G A C I V A L G D N I A G L W S N N A E L A Q A L Q K A S D R C   :   1 6 5
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   Y R V G D V L K T L S G K T V E V M N T D A E G R L T L A D A L A Y A E R E G - A E R I L E L S T L T G A A V V A L G E E V A A L F A T E P S W G E R V R E A A E K A   :   1 6 3
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   I R P G D V L T A M N G K S I E I I N T D A E G R L V L A D A L V W T E R N L K P A A V V D V A T L T G A V G G A L G D D Y A G L F S R H D A L A G Q L E A A G R A T   :   1 6 5
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   T K P G D V H V G M N G K S V E I N N T D A E G R L I L A D A L V Y A Q E A N - P T Y I V D V A T L T G A M M I A L G D A F I G Y F T A D D D L S K I I H Q S G I D A   :   1 6 3
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   F R P G D I L Q S R K G L T V E I G N T D A E G R L V L A D A L A L A D E E E - P E M L I D M A T L T G A A R V A L G P D L P P F Y T H D D Q L A G E I A V K A R E T   :   1 6 1
                              p G D 6 l         G k 3 6 E 6   N T D A E G R L   L A D A L     a                 6 6 d 6 a T L T G A       A L G             5           l       6                          
                                                                                                                                                                                                           
                                *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                              
A M P A _ S Y N E L   :   G E K F W Q M P L E N K Y F E A M K S Q V A D M K N T G P R S - A G S I T A A L F L Q Q F V D H T P - W A H L D I A G P V W T E K E D G Y N N P C G T G Y P V R T L V   :   2 4 6
Q 7 2 G W 9 _ T H E   :   G E K V W P M P L E K A Y R E K L K S P V A D L K N V G D R Y - G G A I A A A L F L A E F V Q V P - - L V H L D I A G P A F A R K A H A L G P E G G T G F G V R T I L   :   2 4 3
Q 9 A 9 K 3 _ C A U   :   G E R L W R L P L N A S H E T D M S S T I A D L K N T G E G G - G G A S T G A W F I G E F V S R D I P W A H L D I A N M A W G G A G - D W S A P G S A G F A V R L L E   :   2 4 6
Q 8 S Q Z 7 _ E N C   :   N D P V W R M P L S Q L Y L P S M K S N V A D L K N A V E G G H G G S A T A A I F L S E F V G K E F K W A H F D I A G V M D S N N N K G V Y G D G A T G C G V P V L I   :   2 4 6
Q 8 F X R 8 _ B R U   :   A D P L W R M P L W Q P Y A Q K L S S R V A D I N N V T T D G F A G S V T A A L F L A K F V E R A R Q W A H F D I F G W V P V E K P - - A S P V G G E A Q A I R A L Y   :   2 4 2
                                  W   6 P L       y       6   S   6 A D 6 k N               G     t a A   F 6     F V           w a H   D I a g                           g     g     6 r   6              

Розовым выделен фрагмент выравнивания, используемый в эталонном выравнивании. Если принять за меру сходства количество совпадающих колонок, поделенное на количество колонок из первого выравнивания, то в случае выравнивания ClustalW оно составит около 13%, а в случае эталонного выравниваия - всего 2,3%

©Попенко Анна