На главную страницу второго семестра

Работа с программой BLAST.

В данном занятии было предложенно поработать с программой BLAST с сервера NCBI.

1. Сначала был произведен поиск белка AMPA_ECOLI по его последовательности в банке swissprot. В результате, в списке найднных он оказался первым, со следующими параметрами: score=971, E-Value=0.0. Проведя такой же поиск в банке pdb, первая в списке находка имела следующие парметры: PDB-код - 1GYT, score=971, E-Value=0.0, индетификация цепей - A B C D E F G H I J K L, процент совпадений - 100%, начало и конец выравнивания как находки, так и исходной последовательности равны соответственно 1 и 503. Все это означает что данная находка и есть искомый белок.
2. Далее был произведен поиск по последовательности белка, схожего с AMPA_ECOLI, из органима Yersinia pestis. Среди результатов поиска так же был AMPA_ECOLI, на 4ом месте, score=908, E-Value=0.0, процент индентичности - 91%, начало и конец выравнивания как находки, так и исходной последовательности равны соответственно 1 и 503.
   Первая находка являлась искомой, поскольку процент индентичности составил 100%.
3. Подавая на вход последовательность, составленную из кусков последовательности белка AMPA_ECOLI, BLAST на первое место выдает белок AMPA_SALTY с индентичностью 95%, score=43.9, E-Value=1e-04, позиции с 26 по 321 и второй вариант - 100% индентичности, score=41.2, E-Value=7e-04, позиции с 1 по 19. На втором месте оказался AMPA_ECOLI с точно такими же параметрами. Это свидетельствует либо о большой сходности этих белков, либо данная последовательность оказалась функционально важной, а эти белки просто выполняют сходные функции.