На главную страницу второго семестра Patterns

Поиск по паттерну в банке Swiss-Prot.

Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей.

                                                                       
                                            *                          
A M P A _ R I C P R   :   T D A E G R L V L A D T V W Y V Q E   :   1 8
A M P A _ X A N C P   :   T D A E G R L I L C D A L T Y A - E   :   1 7
A M P A 2 _ S H E O   :   T D A E G R L V L C D V L T Y V - E   :   1 7
A M P A _ E C O L I   :   T D A E G R L V L C D V L T Y V - E   :   1 7
A M P A _ B U C B P   :   T D A E G R L I L C D V L T Y V - E   :   1 7
A M P A _ B L O F L   :   T D A E G R L L L C D V L T Y V - E   :   1 7
                          T D A E G R L   L c D   l t Y v   E          

Таблица паттернов полученных из результатов выравнивания 6 ортологов.

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности T-D-A-E-G-R-L-V-L-C-D-V-L-T-Y-V-E  8  AMPA2_SHEON, AMPA_ECOLI 
Сильный T-D-A-E-G-R-L-[VIL]-L-[AC]-D-[TAV]-[VL]-[WT]-Y-[VA]-Q(0,1)-E  39  Найдены все 
Слабый T-D-A-E-G-R-L-x(0,4)-L-x(1,6)-D-x(1,5)-x(1,3)-Y-x(1,4)-E  59  Найдены все 

При поиске по фрагменту последовательности - найдены только довольно близкие белки, начинающиеся с AMPA.Аналогичная ситуация при поиске со стргим паттерном, однако количество результатов возрастает.
©Попенко Анна